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单细胞RNA测序技术的原理、灵敏度及具体应用?

發布時間:2023/11/27 万象百科 54 博士
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 单细胞RNA测序技术的原理、灵敏度及具体应用? 小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
單細胞全基因組測序技術是在單細胞水平對全基因組進行擴增與測序的一項新技術。其原理樓上已表述完整。  全基因組擴增技術主要分為兩種類型:一是基于熱循環以PCR為基礎的擴增技術,如簡并寡核苷酸引物PCR (DOP-PCR)、連接反應介導的PCR (LM-PCR)、擴增前引物延伸反應 (PEP)等;一是基于等溫反應不以PCR為基礎的擴增技術,如多重置換擴增 (MDA) 和基于引物酶的全基因組擴增 (pWGA)。  單細胞轉錄組分析主要用于在全基因組范圍內挖掘基因調節網絡,尤其適用于存在高度異質性的干細胞及胚胎發育早期的細胞群體。與活細胞成像系統相結合,單細胞轉錄組分析更有助于深入理解細胞分化、細胞重編程及轉分化等過程及相關的基因調節網絡。將此技術應用于臨床,理論上可以在生理 或病理情況下連續追蹤基因表達的動力學變化,從而監測疾病的進展。單細胞轉錄組分析的另一應用領域是發現亞細胞成分的基因表達譜,例如對在神經元的軸突或樹突部分特異表達的基因的轉錄組的分析,這些基因往往對細胞的生物學功能發揮著重要作用。但是,鑒于目前的技術手段,單細胞轉錄組測序仍然存在覆蓋率低的弊端,導致除mRNA以 外的長非編碼RNAs難以檢測,并且不能區分正義鏈與反義鏈。最近發展的單分子測序技術無需逆轉錄和擴增步驟而直接對單個細胞的全長mRNAs進行測序,從而準確地檢測基因不同的剪切亞型的表達水平。隨著技術的發展這些局限性會被逐步優化和改進。  過去二十幾年里,隨著基因測序技術水平的提高以及千人基因組計劃、癌癥基因組計劃、Meta-Hit計劃等重大國際合作項目的相繼開展,基因組研究日漸被推向高潮。然而,迄今為止使用的測序材料無一例外都是數百萬甚至更多細胞的混合DNA樣本。這種方法能夠得到全基因組序列信息,但是對其進行研究得到的結果只是一群細胞中信號的平均值,或者只代表其中占優勢數量的細胞信息,單個細胞獨有的特性被忽視。例如,科學家想找出哪種突變存在于哪種細胞中幾乎是不可能的,只存在于少數細胞(如早期癌細胞)中的突變也基本上被掩藏。另一方面,有些樣品稀少無法在實驗室培養,樣品量不足以進行全基因組分析,例如腫瘤循環細胞、組織微陣列、早期發育的胚胎細胞等。這些都是全基因組測序遇到的難題。  作為“在單個細胞水平上對基因組進行測序”的單細胞測序技術能夠解決上述難題。與傳統的全基因組測序相比,單細胞測序不僅測量基因表達水平更加精確,而且還能檢測到微量的基因表達子或罕見非編碼RNA,其優勢是全方位和多層次的。  2011年,《自然方法》雜志( Nature Methods )將單細胞測序列為年度值得期待的技術之一[1],2013年,《科學》雜志(Science)將單細胞測序列為年度最值得關注的六大領域榜首[2]。與此同時,測序巨頭相繼推出新一代測序儀,為單細胞測序提供利器,越來越多與單細胞測序有關的研究也發表在頂級期刊上,這些都表明,單細胞測序已逐漸成為科研熱點,有望成為2013年最值得關注的測序技術。

單細胞RNA測序技術的原理是:在單個細胞水平上對mRNA進行擴增與測序,并進行定量分析的一項新技術。 然后,分別針對單個細胞的DNA和RNA進行序列分析和比較,進而揭示基因組和轉錄 組的變化。主要涉及單細胞基因組測序和轉錄組測序兩方面。單細胞全基因組測序單細胞全基因組測序技術是在單細胞水平對全基因組進行擴增與測序的一項新技術。其原理是將分離的單個細胞的微量全基因組DNA進行擴增,獲得高覆蓋率的完整的基因組之后通過外顯子捕獲進而高通量測序用于揭示細胞群體差異和細胞進化關系。單細胞測序不僅測量基因表達水平更加精確,而且還能檢測到微量的基因表達子或罕見非編碼RNA。具體應用有:1、體外受精的胚胎測序。在把胚胎植回母體之前,先取一個細胞進行測序,確認基因正常后再植回,以保證胚胎是正常的2、CTC細胞(循環腫瘤細胞)測序。癌癥的血液檢測,通過對血液中的腫瘤細胞進行測序,找到突變位點,針對性能進行靶向藥物治療3、腫瘤亞細胞群測序。腫瘤發生、發展過程中,細胞不斷發生新的突變,型成許多亞細胞群,單細胞測序可以對這些亞細胞群進行分別的測序,并找到對應的治療方案4、免疫細胞測序。免疫細胞在對抗原發生識別后,免疫細胞的基因組發生重排,并產生對抗原特異的抗體。對免疫細胞的測序,可以找出特異的基因結構

總結

以上是生活随笔為你收集整理的单细胞RNA测序技术的原理、灵敏度及具体应用?的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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