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第四代测序有望全面代替边合成边测序吗?

發(fā)布時(shí)間:2023/11/22 万象百科 29 博士
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 第四代测序有望全面代替边合成边测序吗? 小編覺得挺不錯(cuò)的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個(gè)參考.
個(gè)人覺得不會(huì)。 目前納米孔究竟算三代還是四代,說法尚不統(tǒng)一。下面對(duì)此不加以區(qū)分,統(tǒng)一稱為三代。二代測序如此成熟的今天,一代測序也沒有消失。你要是構(gòu)個(gè)載體,直接18塊錢做Sanger測序,24小時(shí)拿到結(jié)果,何必做二代測序燒錢? 同樣,如果三代測序成熟了,只會(huì)造成測序市場的進(jìn)一步細(xì)分,而不是完全取代二代測序的地位。 至于市場將會(huì)如何細(xì)分,因?yàn)槿吘股形闯墒欤灾荒懿聹y。二代測序的代表Illumina的芯片就是一塊平整的流動(dòng)單元(flow-cell),只要芯片保持足夠平整,提高通量很容易(HiSeq X10的通量已經(jīng)令人恐怖了)。納米孔測序?qū)χ谱鞴に嚨母咭螅茈y保證每個(gè)納米孔高度一致,因此其通量可能很難提高;而即使納米孔的工藝改進(jìn),使得通量達(dá)到數(shù)十G的級(jí)別,二代也會(huì)進(jìn)一步改進(jìn),通量估計(jì)繼續(xù)甩三代兩個(gè)數(shù)量級(jí)問題不大。因此對(duì)某些需要極高通量的測序項(xiàng)目,二代測序會(huì)繼續(xù)保持優(yōu)勢(shì)。未來幾年可能發(fā)生情況的推測:二代測序的通量會(huì)進(jìn)一步穩(wěn)定提高,讀長也會(huì)相應(yīng)增加但不非常顯著。三代測序的準(zhǔn)確度提高到可以接受的水平(起碼得到95%)。在1的假設(shè)下,二代測序可能繼續(xù)保持優(yōu)勢(shì)的領(lǐng)域可能是全民級(jí)別的基因組、某些重要組織的轉(zhuǎn)錄組的測序。如果基因組測序會(huì)進(jìn)一步普及和平民化,則二代測序由于通量大,因而成本低,更容易被市場接受。測序的準(zhǔn)確度可以由通量來保證。而基因組上的低復(fù)雜度區(qū)域(重復(fù)序列),可以選擇不關(guān)心,因?yàn)槟抢锎嬖谥匾猄NP的概率比較低。在1的假設(shè)下,三代首先會(huì)奪去的市場可能是單細(xì)胞測序,和醫(yī)療、司法、海關(guān)等不要求極高通量的生物檢測應(yīng)用。目前用二代測序做單細(xì)胞測序,無論是測基因組還是轉(zhuǎn)錄組,都需要先擴(kuò)增再測,而擴(kuò)增不可避免地會(huì)引入偏差和錯(cuò)誤。而三代測序則先天性可以避免擴(kuò)增,直接測單細(xì)胞,這是二代測序無法比擬的優(yōu)點(diǎn)。醫(yī)療上檢測病人樣品,司法上檢測兇手DNA等,都不需要二代那樣龐大的通量,而要求快速、靈活和超長讀長,這也是二代難以抗衡的。

總結(jié)

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