RBPsuite RNA-蛋白质结合位点预测工具使用指南
生活随笔
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RBPsuite RNA-蛋白质结合位点预测工具使用指南
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RNA結合蛋白(RBP)在各種生物學過程中都起著至關重要的作用,它們在RNA上的結合位點可以深入了解涉及RBPs的疾病背后的機制。因此,如何識別RNA上的RBP結合位點對于后續分析至關重要。今天,小編就給大家介紹一種基于深度學習的RNA-蛋白質結合位點預測的網站:RBPsuite,這是一個易于使用的網絡服務器,用于預測線性和環形RNA上的RBP結合位點。
RBPsuite首先將輸入的RNA序列分割為101個核苷酸的片段,并對片段與RBP之間的相互作用進行評分。RBPsuite進一步檢測結合片段上已驗證的基序,從而給出沿全長序列的結合得分分布。對于線性RNA,RBPsuite使用iDeepS來預測它們與RBP的結合分數;對于環狀RNA(circRNA),RBPsuite使用CRIP預測它們與RBP的結合分數。
話不多說,主頁面如下。
RBPsuite需要三種類型的輸入:RNA類型,預測模型和RNA序列。電子郵件地址是可選的。如果提供了電子郵件,則作業完成后將向該電子郵件發送通知。
Step 1.?選擇?RNA類型
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總結
以上是生活随笔為你收集整理的RBPsuite RNA-蛋白质结合位点预测工具使用指南的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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