index 測序的標簽，用于測定混合樣本，通過每個樣本添加的不同標簽進行數據區分，鑒別測序樣品。

堿基質量值 （Quality Score或Q-score）是堿基識別（Base Calling）出錯的概率的整數映射。堿基質量值越高表明堿基識別越可靠，堿基測錯的可能性越小。

?Q30 堿基質量值為Q30代表堿基的精確度在99.9%。

?FPKM（Fragments Per Kilobase of transcript per Millionfragments mapped） 每1百萬個map上的reads中map到外顯子的每1K個堿基上的fragment個數。計算公式為 公式中，cDNAFragments 表示比對到某一轉錄本上的片段數目，即雙端Reads數目；Mapped Reads(Millions)表示Mapped Reads總數，以10為單位；Transcript Length(kb)：轉錄本長度，以kb個堿基為單位。

FC（Fold Change） 即差異表達倍數。

FDR（False Discovery Rate） 即錯誤發現率，定義為在多重假設檢驗過程中，錯誤拒絕(拒絕真的原(零)假設)的個數占所有被拒絕的原假設個數的比例的期望值。通過控制FDR來決定P值的閾值。

P值（P-value） 即概率，反映某一事件發生的可能性大小。統計學根據顯著性檢驗方法所得到的P 值，一般以P<0.05為顯著，P<0.01為非常顯著，其含義是樣本間的差異由抽樣誤差所致的概率小于0.05或0.01。

可變剪接（Alternative splicing） 有些基因的一個mRNA前體通過不同的剪接方式（選擇不同的剪接位點）產生不同的mRNA剪接異構體，這一過程稱為可變剪接(或選擇性剪接，alternative splicing)。可變剪接是調節基因表達和產生蛋白質組多樣性的重要機制，是導致真核生物基因和蛋白質數量較大差異的重要原因。在生物體內，主要存在7種可變剪接類型：A）Exonskipping；B）Intron retention；C) Alternative 5' splice site；D) Alternative3' splice site；E) Alternative first exon；F) Alternativelast exon；G) Mutuallyexclusive exon。

外顯子跳躍（Exon skipping） 外顯子在前體mRNA剪接形成成熟mRNA過程中被跳過，最終沒有出現在某些成熟mRNA上，這種剪接機制被稱為外顯子跳躍。

內含子保留（Intron retention） 前體mRNA在剪接形成成熟mRNA的過程中，部分內含子被保留下來，這種剪接機制被稱為內含子保留。

5'或3'端可變剪接 前體mRNA在剪接形成成熟mRNA的過程中，5'端或3'端邊界發生不同方式的剪接，這種剪接機制被稱為5'或3'端可變剪接。12.基因結構優化 由于使用的軟件或數據本身的局限性，導致所選參考基因組的注釋往往不夠精確，需要對原有注釋的基因結構進行修正，這一過程稱為基因結構優化。

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