解決方法：

將bowtie得到的bam文件，轉(zhuǎn)換為bed文件，并使用cat指令，將其所有重復(fù)實(shí)驗文件合并,將合并文件作為輸入文件，進(jìn)行peaks calling。

參考鏈接：MACS官網(wǎng)

http://liulab.dfci.harvard.edu/MACS/00README.html

Notes:

3) For the experiment with several replicates, it is recommended to concatenate several ChIP-seq treatment files into a single file. To do this, under Unix/Mac or Cygwin (for windows OS), type:

$ cat replicate1.bed replicate2.bed replicate3.bed > all_replicates.bed

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附錄：

我的數(shù)據(jù)

數(shù)據(jù)簡介

樣本	數(shù)據(jù)
重復(fù)樣本1	SRR6168965
重復(fù)樣本2	SRR6168971
重復(fù)樣本3	SRR6168972

過程代碼

(base) s45@HP45:~/chip-seq_analysis/1-bowtie/2-lung$ bamToBed -i SRR6168965.bam >SRR6168965.bed
(base) s45@HP45:~/chip-seq_analysis/1-bowtie/2-lung$ bamToBed -i SRR6168971.bam >SRR6168971.bed
(base) s45@HP45:~/chip-seq_analysis/1-bowtie/2-lung$ bamToBed -i SRR6168972.bam >SRR6168972.bed
(base) s45@HP45:~/chip-seq_analysis/1-bowtie/2-lung$ cat SRR6168965.bed SRR6168971.bed SRR6168972.bed >lung_all.bed

lung_all.bed是最終三個樣本數(shù)據(jù)合并的文件。

MACS分析指令：

(base) s45@HP45:~/chip-seq_analysis/2-macs2_change$ macs2 callpeak -t /home/s45/chip-seq_analysis/1-bowtie/2-lung/lung_all.bed -f BED -g mm -n? lung_all -B -p 0.0001 --outdir /home/s45/chip-seq_analysis/2-macs2_change/

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但是，后來實(shí)踐發(fā)現(xiàn)，以上方法分析得到的peaks序列與原文獻(xiàn)數(shù)量相比，大大增加，原因不明。

覺得不對。

后來發(fā)現(xiàn)一篇博文，解決了我的疑惑，請有相同疑惑的同學(xué)可以參考：

參考鏈接（https://www.jianshu.com/p/d8a7056b4294）使用bedtools取共有的overlap區(qū)，猜得到與文獻(xiàn)相似的結(jié)果。猜想這是合適的對于重復(fù)樣本取overlap的方式。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的CHIP-SEQ 芯片分析时，对于来自重复实验的数据，怎样进行MACS peaks calling 分析？的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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