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FactorBook整合了ENCODE數(shù)據(jù)庫(kù)中人和小鼠的chip_seq數(shù)據(jù)，以轉(zhuǎn)錄因子為中心，進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄因子motif分析, 與其他轉(zhuǎn)錄因子或者組蛋白修飾的關(guān)聯(lián)分析，數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)址如下

http://www.factorbook.org/mouse/chipseq/tf/

在首頁(yè)以矩陣的形式展現(xiàn)了數(shù)據(jù)分布，每一行代表一種轉(zhuǎn)錄因子，每一列代表一種細(xì)胞系，截圖示意如下

1. Function

展示了refseq和wikipedia數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)該基因功能的描述，示意如下

同時(shí)還提供了PDB,GO等數(shù)據(jù)庫(kù)的超鏈接，方便查相關(guān)信息，示意如下

2. Histone Profiles

對(duì)于轉(zhuǎn)錄因子的chip_seq數(shù)據(jù)，我們通常會(huì)分析在TSS位點(diǎn)兩側(cè)的富集情況。這部分內(nèi)容將轉(zhuǎn)錄因子peak的中心區(qū)域當(dāng)做TSS, 看組蛋白修飾的數(shù)據(jù)在轉(zhuǎn)錄因子peak中心區(qū)域的富集情況，結(jié)果示意如下

不同顏色代表不同的組蛋白修飾

3. Motif Enrichment

對(duì)于每批數(shù)據(jù)，選取top500的peak, 提取peak中心上下游各50bp的序列，采用meme進(jìn)行motif分析，最多輸出5個(gè)motif, 結(jié)果如下

4. Histone Heatmap

以轉(zhuǎn)錄因子的peak區(qū)域作為基礎(chǔ)，分析不同組蛋白修飾在這些區(qū)域的定量結(jié)果，并繪制熱圖，示意如下

同時(shí)根據(jù)這些區(qū)域的定量結(jié)果，計(jì)算轉(zhuǎn)錄因子和組蛋白修飾的相關(guān)性。

5. ?TF heatmap

和Histone heatmap的原理一樣，只不過(guò)是在多種轉(zhuǎn)錄因子之間進(jìn)行分析，結(jié)果示意如下

FactorBook在ENCDOE數(shù)據(jù)的基礎(chǔ)上進(jìn)行了深入分析和挖掘，其研究多種TF，TF和組蛋白修飾之間的關(guān)聯(lián)分析的思路值得我們借鑒。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的FactorBook:人和小鼠转录因子chip_seq数据库的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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