?

Ballgown是分析轉錄組差異表達的R包。

軟件安裝：
運行R，
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“ballgown”)
R會自動安裝Ballgown，及相應的依賴包。

Ballgown的輸入文件
StringTie使用-B參數(shù)直接生成Ballgown的輸入文件，Cufflinks的輸出結果需要使用Tablemaker生成Ballgown的輸入文件。
一個有5個輸入文件，分別是：
e_data.ctab，外顯子水平表達量；
i_data.ctab，內(nèi)含子水平表達量；
t_data.ctab，轉錄本水平表達量；
e2t.ctab，外顯子與轉錄本的對應關系；
i2t.ctab，內(nèi)含子與轉錄本的對應關系。

Tablemaker
tablemaker -p 4 -q -W -G merged.gtf -o sample01_output sample_01/accepted_hits.bam
-p 指定線程數(shù)
-q 去冗余
-W 運行模式是tablemaker，而不是Cufflinks模式
-G 指定組裝好的GTF文件，這個文件由cuffmerge生成
BAM文件是最后一個參數(shù)，這個文件由Tophat生產(chǎn)

運行Ballgown
運行R
載入Ballgown包
library(ballgown)
載入數(shù)據(jù)，并創(chuàng)建一個ballgown項目
bg = ballgown(dataDir=’D:\extdata’, samplePattern=’sample’, meas=’all’)
指定分組，及重復樣本數(shù)目：
pData(bg) = data.frame(id=sampleNames(bg), group=rep(c(1,0), each=3))
差異表達分析：
stat_results = stattest(bg, feature=’transcript’, meas=’FPKM’, covariate=’group’)

有些地方我寫得不是很清楚，有一個英文的Tutorial寫得非常好。
https://github.com/alyssafrazee/ballgown

轉載于:https://www.cnblogs.com/jinhh/p/8032253.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的转录组差异表达分析工具Ballgown的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。