目錄-我和VASP的故事

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• 1 學(xué)習(xí)記錄
• • 1.1 十一月23日的學(xué)習(xí)
  • 1.2 十一月24日的學(xué)習(xí)
  • 1.3 O${}_2$分子體系計(jì)算

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師從大師兄，有興趣可以私信交流，學(xué)習(xí)教材來源：learn VASP The Hard Way

VASP是什么？即Vienna Ab-initio Simulation Package，是維也納大學(xué)Hafner小組開發(fā)的進(jìn)行電子結(jié)構(gòu)計(jì)算和量子力學(xué)-分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件包。它是目前材料模擬和計(jì)算物質(zhì)科學(xué)研究中最流行的商用軟件之一。

說明：
Ab-initio——量子化學(xué)從頭算起法
本人是windows用戶，后文都以windows系統(tǒng)標(biāo)準(zhǔn)說明。

1 學(xué)習(xí)記錄

1.1 十一月23日的學(xué)習(xí)

學(xué)習(xí)必備參考書：Density Functional Theory: A Practical Introduction (David Sholl)

學(xué)習(xí)必備網(wǎng)站：VASP官網(wǎng)、VASP官方論壇

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注意：windows用戶計(jì)算出錯(cuò)時(shí)，首要解決方案：dos2unix

需要安裝基礎(chǔ)軟件：
文字編輯軟件：notepad++
建模相關(guān)軟件：Material Studio、p4vasp、VESTA

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四個(gè)基本輸入文件：INCAR，KPOINTS，POSCAR，POTCAR
總結(jié)：VASP基本輸入文件的準(zhǔn)備（小結(jié)）

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批量處理部分初學(xué)可以先不看，選擇跳過繼續(xù)閱讀下去~

關(guān)于VASP任務(wù)的提交：
一般來說超算中心使用的都是linux系統(tǒng)，基本操作指令大同小異，基本沒有區(qū)別。
這里以本人所在課題組所用的超算中心為例，僅供參考：我們采用的是HPCPlus平臺。
1、 把腳本vasp-5.4.4.lsf 和其他四個(gè)輸入文件放在同一個(gè)文件夾里；
2、 登錄超算中心，點(diǎn)擊網(wǎng)頁版命令下面的文件傳輸，建立自己的文件夾，把五個(gè)文件上傳至超算的文件夾里；
3、 點(diǎn)擊終端命令，打開登錄結(jié)點(diǎn)命令，進(jìn)入剛建立的文件夾，輸入bsub -J Jobname<vasp-5.4.4.lsf（其中Jobname可以換成自己的項(xiàng)目名字）,回車運(yùn)行。這里我換成 bsub -J Zachary_Job<vasp-5.4.4.lsf
注：
進(jìn)入-cd；
查看當(dāng)前目錄-ls
運(yùn)算過程中可以多用一下命令查看進(jìn)度：

• cat oszicar查看運(yùn)行步數(shù)，其中關(guān)注E0
• bjobs

運(yùn)行完成后文件夾中會出現(xiàn)一系列輸出文件，目前需要掌握的是這三個(gè)輸出文件：
1、CONTCAR是結(jié)構(gòu)優(yōu)化后，存儲新結(jié)構(gòu)的文件，即優(yōu)化版的POSCAR；
2、OSZICAR是記錄優(yōu)化過程一些信息的文件，通過OSZICAR獲取體系的能量，也就是E0后面的那一項(xiàng)；
3、 OUTCAR是關(guān)于我們當(dāng)前計(jì)算的一個(gè)非常全面的，多方位的信息匯總。
強(qiáng)調(diào)：不知道的參數(shù)，不要瞎往INCAR里面放！新手的話經(jīng)常會加一些亂七八糟的參數(shù)，導(dǎo)致計(jì)算錯(cuò)誤

1.2 十一月24日的學(xué)習(xí)

1.3 O${}_2$分子體系計(jì)算

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的VASP学习记录与总结的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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