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编程问答

lammps教程:单原子温度计算及输出方法

發布時間:2023/12/9 编程问答 27 豆豆
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 lammps教程:单原子温度计算及输出方法 小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.

大家好,我是小馬老師。
在lammps模擬中,可以使用thermo命令輸出整個體系的溫度。
但在有些時候可能需要輸出每個原子的溫度,并繪制溫度云圖,如下圖所示:
單個原子的溫度應該如何輸出?溫度云圖又是如何繪制?
接下來將詳細介紹但原子溫度計算方法。
既然是輸出單個原子的信息,必然要用到dump命令,但是默認情況下,lammps并沒有提供單原子溫度屬性。
因此,需要根據動能和溫度轉換關系計算單個原子的速度,代碼如下:

compute KE all ke/atom variable KB equal 8.625e-5 variable TEMP atom c_KE/1.5/${KB}

每個原子的溫度信息保存到變量TEMP中,接下來調用dump命令即可輸出原子溫度:

dump 1 all custom 1000 cu.xyz id type x y z v_TEMP

下面給出一個具體案例,案例主要功能是生成了一個長方體Cu塊,在Cu左側區域持續輸入熱量,在Cu右側區域持續抽取熱量,模擬一段時間后,在Cu塊中會形成一個溫度梯度。
通過dump命令把原子溫度保存到cu.xyz文件,導入到ovito軟件中即可繪制溫度云圖。
本代碼僅演示原子溫度計算方法,過程不是很嚴謹,僅供參考,具體代碼如下:

units metal boundary p p p dimension 3 atom_style atomic neighbor 2 bin neigh_modify every 5 delay 0 timestep 0.001lattice fcc 3.61 region box block 0 20 0 2 0 5 create_box 1 box create_atoms 1 boxregion left block INF 2 INF INF INF INF region right block 18 INF INF INF INF INF group left region left group right region rightpair_style eam pair_coeff * * Cu_u3.eamvelocity all create 100 8989thermo 100 thermo_style custom step temp pe ke#計算原子溫度 compute KE all ke/atom variable KB equal 8.625e-5 variable TEMP atom c_KE/1.5/${KB} #保存原子溫度 dump 1 all custom 1000 cu.xyz id type x y z v_TEMP fix 1 all nve fix hot all ehex 10 1 region left fix cold all ehex 10 -1 region right run 12000

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的lammps教程:单原子温度计算及输出方法的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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