LAMMPS安装全套解决方案
網(wǎng)絡(luò)上有很多教程教大家安裝,但大多有點(diǎn)老舊了,跟不上LAMMPS版本的發(fā)展。官網(wǎng)上有ubuntu系統(tǒng)下的預(yù)編譯版,但完全不推薦;因為LAMMPS包含的包很多,不需要所有的都安裝上。全安裝上,在一定程度上會影響到計算效率,這有點(diǎn)像你去旅游,背了很多根本用不到的沙袋走路。
在任何類Unix操作系統(tǒng)下安裝軟件,不外乎如下步驟:
下面就具體介紹安裝步驟:
Ubuntu下安裝LAMMPS并行版需要安裝必要的依賴包,都包含哪些呢?你可以到你lammps源程序下的src/MAKE/MACHINES下找到Makefile.ubuntu文件; 用文本瀏覽軟件打開它(命令行也行,比如 less Makefile.ubuntu)。
你會看到前10行有依賴包的介紹。 2016版的如下(版本有變,可能依賴包會有變化,大家都可以找到這個文件打開看看):
ubuntu = Ubuntu Linux box, g++, openmpi, FFTW3
you have to install the packages g++, mpi-default-bin, mpi-default-dev,
libfftw3-dev, libjpeg-dev and libpng12-dev to compile LAMMPS with this
makefile
包含,g++編譯器,如果你安裝user發(fā)展的包,可能還要用到gfortran編譯器; 并行包,mpi編譯器,fftw庫,圖片打印輸出庫等。
我們首先檢查下依賴包:在命令行下 用 which命令進(jìn)行檢查是否存在。
執(zhí)行: which gcc ; which g++; which mpirun; which mpic++; which gfortran等。Fftw,jpeg,png等庫要到/usr/include下查看有沒有fftw3等相應(yīng)的頭文件。 有了就不需要再次安裝,沒有就需要先安裝上。
假定你上面的依賴包都沒有(重復(fù)安裝無所謂),請順序執(zhí)行下面命令: 【這些安裝要su root下;LAMMPS安裝不需要root權(quán)限】
a) apt-get install gcc*
b) apt-get install g++*
c) apt-get install mpi-default-*
d) apt-get install libfftw3*
e) apt-get install libjpeg-*
f) apt-get install libpng12-*
確保上面的庫都安裝上,安裝過程中可以看到是否已經(jīng)裝上,沒有的話,窗口會等待讓你輸入 yes
上面包安裝好后,進(jìn)入到 lammps/src/MAKE下,把MACHINES下的 Makefile.ubuntu文件 復(fù)制到 MAKE下,這時,你看到MAKE下還有 .mpi, .serial兩個Makefile文件。
到src下執(zhí)行make package-status查看有哪些包是yes態(tài)和no態(tài);yes表示安裝,no表示不安裝。用make yes-包名或make no-包名, 加載/取消你安裝的包。選擇自己必要的包就行了。
進(jìn)入src下執(zhí)行 make Ubuntu 命令,等待安裝; 安裝結(jié)束后,會生成一個lmp_ubuntu可執(zhí)行程序,這個就是你要的了
在你的家目錄下(比如/home/zhangsan),執(zhí)行mkdir bin見一個bin文件夾,并把lmp_ubuntu復(fù)制到此文件夾下; 然后 cd 到 家目錄 vi .bashrc 文件。在此文件的最后一行 加入 export PATH=/home/zhangsan/bin:$PATH;保存并 source .bashrc。 最新執(zhí)行 which lmp_ubuntu查看下是不是可以找到路徑。可以的話,可結(jié)束安裝了。
上面的步驟完成后,安裝就結(jié)束了, 你可以cd 到 example下的例子中(比如 micelle下),執(zhí)行 lmp_ubuntu < in.micelle 或者 mpirun -np 2 lmp_ubuntu < in.micelle 看看是否可以用。
Linux下軟件的安裝,根本在依賴包的安裝和路徑的設(shè)置,這些搞定,安裝不會有障礙。
詳細(xì)的安裝過程,大家也可以觀看免費(fèi)網(wǎng)絡(luò)視頻:http://i.youku.com/simuly
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的LAMMPS安装全套解决方案的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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