利用實驗室服務器，沒有管理員權限很麻煩，但最后還是完成了。

首先，下載cazyme數(shù)據(jù)庫，直接wget就行。官網(wǎng)http://cys.bios.niu.edu/dbCAN2/

wget -c http://cys.bios.niu.edu/dbCAN2/download/CAZyDB.07312018.fa

但是不知道為什么無法訪問這個網(wǎng)站，直接掛v打開也不行。那就去找找有沒有別的，在內布拉斯加大學林肯分校一個實驗室下找到了。喜大普奔。

Index of /dbCAN2/download (unl.edu)

?不知道怎么下載（hahaha實在是太菜鳥了），另存為是.fa.txt不知道能不能直接刪掉txt后綴編程fasta文件（有沒有人能解答？）。然后我就走彎路，用python下載了。

import wget url = 'https://bcb.unl.edu/dbCAN2/download/CAZyDB.07312018.fa' file_name = wget.download(url)

ok下好了，傳入服務內建庫。大概15秒，完成會會得到一個dmnd后綴文件。

diamond makedb --in CAZyDB.07312018.fa --db CAZyDB.07312018

開始比對。大概40秒，在原序列文件夾下輸出一個out后綴文件。大功告成！

for file in [序列文件夾]/*.faa; do diamond blastp -q "$file" -d [數(shù)據(jù)庫文件夾]/CAZyDB.07312018.dmnd -f 6 -k 1 -o "$file".out -e 0.00001 -p 20; done

總結

以上是生活随笔為你收集整理的利用diamond进行dbcan数据库建库并进行CAZyme注释（2022.8）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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