參考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html? ??http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny3.html

1. 下載、安裝

下載地址：https://github.com/bbuchfink/diamond

$?tar xzf diamond-linux64.tar.gz

2. 使用

建立索引

$ diamond makedb --in nr.faa -d nr

比對：

$?diamond blastx -d nr -q reads.fasta -o matches.m8 --sensitive -b 16.0 -e1e-5

-q：可以是fasta或fastq(可以是壓縮的)

--taxonmap ：后接文件，蛋白質accession 號對應的物種id，下載地址：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/taxonomy/accession2taxid/prot.accession2taxid.gz

--sensitive：比對長片段

--more-sensitive：比對長片段

--outfmt/-f：0 BLAST pairwise format? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ? ?5 BLAST XML format

6 BLAST tabular format (默認) ，可以自己設置，與blast+相似，如：--outfmt?'6 qseqid qlen sseqid slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids'

默認:? ? ? ? ? ? ? ?qseqid sseqid pident length mismatch?gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore

100?DIAMOND alignment archive (DAA)

101 SAM format

--max-target-seqs/-k：最大比對輸出數，默認25，(1，則輸出最好的那個)

--evalue/-e：默認0.001

--block-size/-b ：使用內存，默認值2.0則為12G，

--threads/-p：CPU線程數，默認使用所有的

總結

以上是生活随笔為你收集整理的Linux安装Diamond软件,Diamond软件比对蛋白质数据库的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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