Bio::DB::GenBank, Bio::SeqIO
生活随笔
收集整理的這篇文章主要介紹了
Bio::DB::GenBank, Bio::SeqIO
小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.
bioperl(http://bioperl.org/)模塊使用--生物信息學(xué)中用的模塊
功能：根據(jù)核酸的gi號自動從GenBank中提取FASTA格式的序列，可以多序列提取。
#!/usr/bin/perl -w use Bio::DB::GenBank; use Bio::SeqIO; my $gb = new Bio::DB::GenBank; my $seqout = new Bio::SeqIO(-fh => *STDOUT, -format => 'fasta'); # if you want to get a bunch of sequences use the batch method my $seqio = $gb->get_Stream_by_id([ qw(27501445 2981014)]); while( defined ($seq = $seqio->next_seq )) { $seqout->write_seq($seq); }
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的Bio::DB::GenBank, Bio::SeqIO的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
