當我們想要從genbank 中下載序列的時候，總需要點擊右上角的download 按鈕，選擇對應的格式，然后通過瀏覽器進行下載，這樣反復的點擊很費時間了

其實可以通過bioperl 自動化的完成下載；

代碼如下：

#!/usr/bin/env perl use Bio::SeqIO; use Bio::DB::GenBank;my ($acc, $out_dir) = @ARGV;die "Usage:perl $0 <acc_number> <out_dir>\n" if scalar @ARGV != 2;system qq{mkdir -p $out_dir} if not -d $out_dir;my $seq_obj = retriev_seq($acc);download_seq($seq_obj, 'fasta', qq{>$out_dir/sequence.fasta}); download_seq($seq_obj, 'genbank', qq{>$out_dir/sequence.gb});sub retriev_seq {my $acc = shift;my $db_obj = Bio::DB::GenBank->new;my $seq_obj = $db_obj->get_Seq_by_acc($acc);return $seq_obj; }sub download_seq {my $seq_obj = shift;my $fmt = shift;my $out = shift;my $seqio_obj = Bio::SeqIO->new(-file => $out, -format => $fmt );$seqio_obj->write_seq($seq_obj); }

?

?這個腳本接受兩個參數，第一個參數為 序列對應的編號，第二個參數為輸出的目錄

以 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_024541.1 為例：

通過瀏覽器下載是這個樣子的：

點擊Send 按鈕，在彈出的對話框中選擇下載的序列的區間，對應的格式

?通過腳本下載是這個樣子的，首先得到序列對應的編號，如下圖所示：

然后運行下面的命令：

perl download_reference.pl NC_024541 ./

?

?這樣通過序列對應的編號就可以自動化的下載對應的序列了

其實，bioperl 當中還提供了其他的檢索序列的方式，比如按照 gi號，功能非常強大。

參考資料：

http://bioperl.org/howtos/Beginners_HOWTO.html

?

總結

以上是生活随笔為你收集整理的bioperl 自动化下载genbank 中的序列的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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