前言

本文章使用3D Slicer對輸入數據進行三維重建，結合別人的經驗以及自己的摸索，寫成這一篇文章，只是簡單的記錄一下自己做過的事情，并沒有多少深入的去研究，對一些東西可能理解的不夠好，希望讀這篇文章的人能夠諒解，不喜勿噴。

參考資料

CT圖片三維重建方法之3DSlicer篇
臨床影像實踐
B站視頻–血腫及中線測量

補充說明

獲取切片的間距，這里我用的是python的代碼來實現的，所用的圖片是使用LITS數據集由NII文件轉為png圖片來實現的，NII轉PNG圖片在我的博客另外一篇文章里面有，這里獲取切片間距信息的代碼如下：

"""查看數據軸向spacing分布 """import os import sys sys.path.append(os.path.split(sys.path[0])[0])from tqdm import tqdm import SimpleITK as sitkimport parameter as paract_path = r'G:\Python\liversegment\ImageResource\ImageTraning\data' spacing_list = []for file in os.listdir(ct_path):ct = sitk.ReadImage(os.path.join(ct_path, file), sitk.sitkInt16)temp = ct.GetSpacing()[-1] # 關鍵語句print('-----------------')print(file+' '+str(temp))spacing_list.append(temp)print('mean:', sum(spacing_list) / len(spacing_list))spacing_list.sort() print(spacing_list)# 訓練集中的平均spacing是1.59mm # 測試集中的數據的spacing都是1mm

按照參考的文章中的第一篇文章基本可以把數據導入成功，但是在測量的時候，我愣是沒有找到在哪里能看見測量距離的大小，最后在第二個板塊的3D視角看到了，如下圖所示：

模型重建

按照第一篇文章的做法，不知道是不是我操作不當的原因還是什么，保存的數據再導入的時候，顯示的只是像前面的步驟那樣把png圖片導入并且把間距和比例修改之后的樣子，并沒有我想象的那種直接就是一個建立好的三維模型。于是就去找資料，看視頻，之后在B站上面看到有人的教程可以實現自己的目的。在這里我簡單的把我所使用的3種可以實現導入數據即為3D模型的方法簡單的說一下，詳細的可以點開前面的B站鏈接看B站的UP主的視頻。

手動涂畫

按照第一個文章，把間距和比例調整好之后，切換到模塊Segment Editor

然后再按照下面圖的順序將每一層的區域涂畫

這里我只是涂畫一層演示而已，因為這種方法不適合使用在這么多切片的數據上，適合涂畫腫瘤等微小物塊，占切片數量少的情況。
接下來是保存數據的重點
點擊圖中的按鈕（Segmentations…），然后拉到底下，選擇導出

接下來就是保存模型的時候了，可以點擊左上角的File再選擇Save，或者直接點擊下面一列的第三個圖標

或者

因為我只需要保存3維的模型，所以我只保留最后一個勾，保存路徑可以點擊Save旁邊的按鈕來選擇位置

最后點擊保存就可以了，然后我們來看一下效果，導入數據的時候直接把保存的vtk文件拖入到3D Slicer然后出現一個彈窗，點擊OK就可以了

效果圖如下所示，正好是一層手動涂畫的效果：

閾值選擇+裁剪

重復第一種方法同樣的步驟，然后再點擊閾值按鈕，更改閾值覆蓋整個想要重建的區域，然后再點擊顯示3D模型的按鈕，顯示出閾值覆蓋全部的3D模型，最后點擊Apply


然后動手開始裁剪，可以選擇裁剪方式，這里選擇的是把圈起來的部分剪掉

剪掉效果如下圖：

這種方法適合對重建區域比較熟悉的人使用，因為很容易剪錯區域，保存顯示的方法跟第一種方法后面的一樣，都是導出來顯示。這里就不展示了，因為這種方法確實耗時。

分割好的模型+閾值法

因為我有分割好的數據，所以可以直接使用分割好的數據進行三維重建，這時就要使用全部的輸入數據進行重建，還是跟之前的一樣的步驟，這里簡單的把步驟總結一下，1、導入數據 2、調整間距 3、調整比例 4、切換Segment Editor模塊 5、添加分割模塊 6、選擇閾值（這里要選中全部的數據）7、點擊3D顯示按鈕查看效果 8、導出模型 9、保存數據 這里貼一下我使用分割后的數據進行三維重建的效果

這里貼一下動態圖，設置了不同的透明度顯示，這個動態圖是一個gif格式的文件，百度搜索gifcamera可以找得到相應的軟件。

結束語

到這里，文章結束了，希望自己的一些經驗對大家有幫助，如果有不當之處請大家批評指出。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的3D Slicer简单三维重建的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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