一、軟件下載

http://software.broadinstitute.org/software/igv/download

這里以下載 Windows 版本為例，下載帶有 Java 的版本，方便安裝。

由于大部分?jǐn)?shù)據(jù)是通過服務(wù)器跑出的結(jié)果，所以也有小伙伴有在 Linux 服務(wù)器端使用的需求。這里推薦幾種方式：

• 配合遠(yuǎn)程控制軟件來使用，國產(chǎn)推薦 Todesk，向日葵
• 話說目前有部分單位禁止遠(yuǎn)程軟件，推薦結(jié)合 Jupyter 來使用
• 建立 FTP 來通過 url 訪問

建議最好安裝在固態(tài)硬盤所在分區(qū)，提高加載速度。

如果沒有在桌面找到 IGV 軟件，按住 Win 鍵，搜索 igv 可以找到并運(yùn)行

IGV 有下載文件的需求，所以通過網(wǎng)絡(luò)訪問權(quán)限

二、軟件介紹

1、數(shù)據(jù)載入

為了方便介紹功能，我們需要先下載幾個(gè)測(cè)試數(shù)據(jù)：

測(cè)試數(shù)據(jù)下載：

下面的數(shù)據(jù)來自人肝臟的 DNaseq 數(shù)據(jù)，分別為bigbed 文件與 bigwig 文件：

bigbed 文件：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE172690&format=file&file=GSE172690%5FENCFF812QNX%5Fpeaks%5Fmm10%2EbigBed

bigwig 文件：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/download/?acc=GSE172690&format=file&file=GSE172690%5FENCFF705ESF%5Fread%2Ddepth%5Fnormalized%5Fsignal%5Fmm10%2EbigWig

想了解更多基因組相關(guān)文件格式：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/109367884

載入數(shù)據(jù)：

成功載入數(shù)據(jù)

切換其中一個(gè)染色體：

2、軟件面板

這里分五大部分來介紹：

• 工具欄

• 軌跡信息欄

• 基因組窗口

• 軌跡窗口

• 基因窗口

1、工具欄

從左到右依次為劃分為三個(gè)小工具：

參考基因組工具

a. 選擇參考基因組物種及版本，如果沒有本地版本，需要聯(lián)網(wǎng)下載

b. 選擇染色體編號(hào)

c. 搜索染色體區(qū)間，格式如圖所示，最常用的功能還是輸入感興趣的基因，直接跳轉(zhuǎn)到對(duì)應(yīng)的位置

視圖操作工具

依次為主頁面，前一步，后一步，刷新，定義區(qū)域，Trace適屏，彈出信息顯示

縮放工具

用于控制整個(gè)視圖的縮放比例，快捷鍵

2、軌跡信息欄

右鍵可以打開菜單，進(jìn)一步修改，后面詳細(xì)來研究。

3、基因組窗口

上部分為整條染色體，點(diǎn)擊即可跳轉(zhuǎn)該位置

下半部分為目前染色體可見部分對(duì)于的染色體位置，用刻度線標(biāo)識(shí)，單位為堿基數(shù)。

4、軌跡窗口

每一行代表一個(gè)樣本的 Trace

5、基因窗口

顯示基因的特征區(qū)域，可以與 Trace 面板配合，來查看研究區(qū)域的生物學(xué)信號(hào)。

三、常用操作

1、下載參考基因組及注釋

• 左上角點(diǎn)擊 More:

• 搜索物種名及其參考基因組版本：

  更多參考基因組知識(shí)：https://blog.csdn.net/u011262253/article/details/117486244

• 進(jìn)入下載進(jìn)度，這一步比較慢，建議科學(xué)上網(wǎng)或晚上掛著下載

2、數(shù)據(jù)加載

目前支持的格式包括：

• 序列比對(duì)：bam，cram
• 基因組注釋：bed, gtf, gff3, psl, bigbed
• 信號(hào)數(shù)據(jù)：wig, bedgraph, bigwig, tdf
• 拷貝數(shù)：seg

拖動(dòng)文件到軌跡窗口

本地文件載入

右上角點(diǎn)擊 File -> Load from File，選擇本地文件即可

通過 URL 加載

如谷歌的數(shù)據(jù)gs://genomics-public-data/platinum-genomes/bam/NA12877_S1.bam，自己有服務(wù)器最好建立 ftp 站點(diǎn)，方便查看

通過官方服務(wù)器加載

這里有一些公共項(xiàng)目的數(shù)據(jù)集，有興趣的小伙伴可以多瀏覽

3、搜索

在工具欄的搜索框輸入，圖中 C 的位置：

有幾種搜索方式：

• 按基因組坐標(biāo)搜索：chr6:64,664,854-64,666,044
• 按基因名搜索：如 pou5f1，但是不支持別名等其他名稱搜索
• 按突變搜索，支持兩種格式：
  • 如KRAS:G12C，搜索 KRAS 第 12 個(gè)氨基酸上，從G 到 C 的突變。* 表示終止密碼子
  • 如 123A>T，搜索 KRAS 第 123 個(gè)氨基酸，從 A 到 T 的突變

4、放大縮小

• 放大：
  • 雙擊軌跡窗口
  • 按住 Shift 健，單擊軌跡窗口
  • 點(diǎn)擊縮放工具 +
  • 在基因組標(biāo)尺窗口按住左鍵滑動(dòng)，選中區(qū)域便會(huì)放大
• 縮小：按住 Alt 健，單擊軌跡窗口

5、滾動(dòng)平移

• 水平移動(dòng)
  • 按住左鍵在軌跡窗口左右拖動(dòng)
  • 點(diǎn)擊基因組標(biāo)尺或染色體圖
  • ← 和 →鍵
  • Home 和 End 鍵
• 垂直滾動(dòng)
  • 按住左鍵在軌跡窗口上下拖動(dòng)
  • ↑ 和 ↓ 鍵
  • Page Up 和 Page Down 鍵

6、右鍵菜單

在軌跡信息欄和基因窗口都可以右鍵呼出如下菜單欄，我們?cè)诔鰣D時(shí)會(huì)依次用到

四、繪圖

1、折線圖

右鍵選擇折線圖選項(xiàng)

修改顏色

設(shè)置顏色

設(shè)置數(shù)據(jù)值域

這里試試設(shè)置不同的數(shù)據(jù)范圍，也就是值域，這里注意 Y 軸變化

• 設(shè)置Min,Mid,Max 依次為 0,0,0.2，效果如下

• 設(shè)置Min,Mid,Max 依次為 -0.2,0,0.2，效果如下

• 設(shè)置Min,Mid,Max 依次為 -1,0,1，效果如下

最終效果如下：

2、散點(diǎn)圖

切換到散點(diǎn)圖選項(xiàng)

設(shè)置同折線圖，效果如下

3、條形圖

切換到條形圖

設(shè)置同折線圖，最終效果

4、熱圖

選擇熱圖選項(xiàng)

配置參數(shù)

設(shè)置

效果

總結(jié)一下，一共可以繪制四種圖，包括：

熱圖

折線圖

條形圖

散點(diǎn)圖

5、基因

右鍵可以打開設(shè)置菜單，一共有三種形式選擇：

堆疊形式

多個(gè)轉(zhuǎn)錄本堆疊在一起顯示

展開形式

分別顯示多條轉(zhuǎn)錄本

壓縮形式

樣本參數(shù)設(shè)置

基因特征顯示

6、保存圖片

支持格式兩種 png，svg。這兩種格式導(dǎo)出后，用 PS 和 AI 修改后就是論文中常見的圖啦。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的保姆级 IGV 基因组浏览器使用指南（图文详解）的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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