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基因疗法新拼图:算法揭示 188 种新型 CRISPR 系统

發(fā)布時(shí)間:2023/12/4 综合教程 37 生活家
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11 月 25 日消息,科學(xué)家近日開發(fā)出新算法,在數(shù)十億個(gè)蛋白質(zhì)序列中,成功發(fā)現(xiàn)188 個(gè)罕見且以前未知的 CRISPR 連接基因模塊,為利用 CRISPR 系統(tǒng)和了解微生物蛋白質(zhì)的功能多樣性提供了新見解。

圖源:Carlos Clarivan / Science Photo Library

該項(xiàng)目由 CRISPR 技術(shù)先驅(qū)張鋒教授帶領(lǐng),團(tuán)隊(duì)成員來自麻省理工學(xué)院麥戈文腦研究所、麻省理工學(xué)院和哈佛大學(xué)布羅德研究所以及美國(guó)國(guó)立衛(wèi)生研究院國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBI)等,相關(guān)成果于 11 月 23 日發(fā)表在《Science》期刊上。

團(tuán)隊(duì)開發(fā)出新的搜索算法--基于快速局部敏感哈希聚類算法(FLSHclust),使用該算法深入挖掘三個(gè)主要的公共數(shù)據(jù)庫,從中識(shí)別出了 188 種新型 CRISPR 系統(tǒng),并對(duì)其中 4 個(gè)系統(tǒng)進(jìn)行了詳細(xì)表征。

這些新系統(tǒng)可能被用來編輯哺乳動(dòng)物細(xì)胞,其脫靶效應(yīng)比目前的 CRISPR-Cas9 系統(tǒng)要少,也有可能在被用于診斷或用來記錄細(xì)胞內(nèi)部活動(dòng)。

該研究發(fā)現(xiàn)了幾種已知 I 型 CRISPR 系統(tǒng)的新變體,未來能被用于開發(fā)更精準(zhǔn)的基因編輯技術(shù)。

此外,研究人員還發(fā)現(xiàn)了一些 IV 型 CRISPR 系統(tǒng)的新的作用機(jī)制,以及精確靶向 RNA 的 VII 型系統(tǒng)(有可能被用于 RNA 編輯)。研究人員表示,該研究突出了 CRISPR 系統(tǒng)前所未有的多樣性和靈活性。

附上論文參考地址:Han Altae-Tranet al.,Uncovering the functional diversity of rare CRISPR-Cas systems with deep terascale clustering.Science382,eadi1910(2023).DOI:10.1126/science.adi1910

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總結(jié)

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