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如果說餅圖是“掰彎”的單列堆疊圖，那么堆疊圖則是排排站的“剛直”餅圖，詳情參考《ggplot2“掰彎”條形圖實操教程》一文。其實，堆疊圖比餅圖更強大，在展示系列數據的百分比同時還可以展示不同比例的變化規律。比如，微生物組學中，它可以很好地展示出微生物種群的豐度變化。

堆疊圖一般有兩種：直接“堆疊”原始數據（第一種）或者“堆疊”原始數據的“百分比”（第二種）。下面使用不同物種（細菌）的絕對豐度數據為例為大家演示這兩種堆疊圖的繪制方法。

第一種

本文所用數據來自基迪奧生物的16s范例結題報告（12個樣本），如下。

打開軟件后，通過雙擊窗口灰色區域或點Prism(棱鏡)的小三角，新建工程文件。在彈出的向導窗口選擇表格類型為Grouped，如下圖。

將數據復制粘貼到Prism的表格中，接下來需要對數據矩陣做轉置，點擊Analyze按鈕，計算方法選Transpose X and Y，如下：

轉置參數的設置保持默認即可，如下：

轉置效果如下，當然也可在Excel中做完轉置再粘貼到Prism中，這里主要還是想為大家介紹下Prism的分析功能。接著點擊Graphs選項下新生成的圖表，選擇相應的圖表類型。

堆疊圖在Grouped 的summary data選項下，如下圖。

接著對圖表做一些個性化的調整，比如改變顏色、調整坐標軸的粗細等，這些操作在之前的教程已反復出現過，這里不做贅述。這里重點介紹一個非常好用的功能：反轉堆疊順序。

除了反轉柱狀圖的堆疊次序之外，還可以反轉相應的圖例順序，這樣就可以方便地把“Unclassified”置于最“底”層，如下圖。

第二種

首先，我們需要先對轉置后的數據進行處理：計算每個物種的絕對豐度占比（即相對豐度）。點Analyze 按鈕，計算方法選Fraction of total，如下：

計算方式選擇按行計算，計算結果以百分數的方式顯示（最大值為100），設置如下：

然后打開計算結果頁面，在Graph選項下新建圖表，圖表類型選擇堆疊圖，如下：

然后只需要對圖表做些個性化的調整即可，比如，顏色可以選擇只有兩種色相的漸變色。圖例的位置還可以自己調整，比如分成兩列置于圖表的下方等，這里不做贅述。

最終的效果如下：

最后，你也可以直接使用相對豐度繪制百分比堆疊圖，這樣就不需要用Prism計算百分數啦！如果你想學習Prism這個軟件可以點擊閱讀原文，觀看剛上線的Graphpad Prism科研作圖系列視頻教程，好啦，今天的內容就到這里啦！

縱坐標改為百分數，首先data表的數據要是percentage而不是fraction，即45%在表格中顯示為45，作圖時坐標范圍在0~100，設置坐標軸格式，在Format Axes→Suffix處填上%即可

總結

以上是生活随笔為你收集整理的Graphpad Prism 堆叠图的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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