CMAQ安裝教程

依賴庫下載：https://download.csdn.net/download/yj19961126/19688441

一、前置安裝

二、依賴庫安裝

1、zlib

tar -zxvf zlib-1.2.8.tar.gz

cd zlib-1.2.8

./configure --prefix=/$home/netcdf_install

make

make check

make install

?

2、curl

tar -zxvf curl-7.55.1.tar.gz

cd -zxvf curl-7.55.1

./configure --prefix=/$home/netcdf_install

make

make check

make install

?

3、hdf5

tar -zxvf hdf5-1.8.19.tar.gz

cd hdf5-1.8.19

./configure --prefix=/$home/netcdf_install --with-zlib=/$home/netcdf_install

make

make check

make install

make check-install

?

三、netcdf的安裝

1、netcdf-c

tar -zxvf netcdf-c-4.8.0.tar.gz

cd netcdf-c-4.8.0

export CPPFLAGS=-I/$home/netcdf_install/include

export LDFLAGS=-L/$home/netcdf_install/lib

./configure --prefix=/$home/netcdf_install --with-hdf5=/$home/netcdf_install --disable-dap

make

make check

make install

?

2、netcdf-fortran

tar -zxvf netcdf-fortran-4.5.3.tar.gz

cd netcdf-fortran-4.5.3

./configure --prefix=/$home/netcdf_install --with-hdf5=/$home/netcdf_install --disable-dap

make

make check

make install

?

四、使用環境配置

vim ~/.bashrc

?

export PATH=$PATH:/usr/local /netcdf_install/bin

export NETCDF=:/usr/local /netcdf_install

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$NETCDF/lib

export CPPFLAGS=-I$NETCDF/include

export LDFLAGS=-L$NETCDF/lib

cd

source ~/.bashrc

五、安裝openmpi

1、解壓

tar -zxvf? openmpi-1.4.5.tar.gz

2、進入

cd openmpi-1.4.5

3、配置腳本

./configure --prefix=/usr/local/openmpi_install

4、編譯

make

5、檢查

make check

6、安裝

make install

7、配置環境變量

vim ~/.bashrc

環境配置

OPENMPI=/usr/local/openmpi_install

PATH=$OPENMPI/bin:$PATH

LD_LIBRARY_PATH=$OPENMPI/lib:$LD_LIBRARY_PATH

INCLUDE=$OPENMPI/include:$INCLUDE

CPATH=$OPENMPI/include:$CPATH

MANPATH=$OPENMPI/share/man:$MANPATH

手動，使生效

source ~/.bashrc

8、檢查配置是否正確

which mpirun

出現此路徑，表示正確

?

?

?

六、安裝ioapi

1、解壓ioapi-3.2

2、進入

cd ioapi-3.2

1. 修改Makefile.template

去除注釋，修改自己的位置

將Makefile.template重命名為Makefile

cp Makefile.template ./Makefile

1. 生成ioapi和m3tools目錄下Makefile文件

1. 創建文件夾Linux2_x86_64

mkdir Linux2_x86_64

1. 終端輸入

export BIN= Linux2_x86_64

1. 將之前裝的依賴包復制到Linux2_x86_64中

cd Linux2_x86_64

cp /usr/local/netcdf_install/lib/lib* ./

?

1. 返回ioapi-3.2

cd ..

1. 編譯、安裝

make configure

make

make install

10、判斷是否安裝成功

cd Linux2_x86_64

ls *.mod

ls libioapi.a

?

?

七、安裝CMAQ-5.2

1、解壓

unzip CMAQ-5.2.zip

2、進入文件夾

cd CMAQ-5.2

3、使用vim，打開bldit_project.csh，將CMAQ_HOME改成CMAQ-5.2文件夾所在路徑

vim bldit_project.csh

4、運行bldit_project.csh腳本，無事發生

./bldit_project.csh

5、打開config_cmaq.csh

vim config_cmaq.csh

修改內容：

IOAPI_MOD_DIR：ioapi的模塊文件路徑，即lib文件夾的路徑；

IOAPI_INCL_DIR：ioapi的include文件夾的路徑

IOAPI_LIB_DIR：ioapi的lib文件夾的路徑

NETCDF_LIB_DIR：netcdf的lib文件夾的路徑

NETCDF_INCL_DIR：netcdf的include文件夾的路徑

MPI_LIB_DIR：openmpi的lib文件夾的路徑

myFC："mpif90"，使用的Fortran編譯器的語法規范

myLINK_FLAG："-openmp"（如果是gfortran編譯器，則為-gopenmp）

mpi_lib： "-lmpi"（mpich選擇-lmpich，openmpi選擇-lmpi）

setenv IOAPI_MOD_DIR?? /home/yan/Desktop/CMAQ/ioapi-3.2/Linux2_x86_64 #> I/O API precompiled modules

setenv IOAPI_INCL_DIR? /home/yan/Desktop/CMAQ/ioapi-3.2/ioapi/fixed_src? #> I/O API include header files

setenv IOAPI_LIB_DIR?? /home/yan/Desktop/CMAQ/ioapi-3.2/Linux2_x86_64? #> I/O API libraries

setenv NETCDF_LIB_DIR? /usr/local/netcdf_install/lib? #> netCDF directory path

setenv NETCDF_INCL_DIR /usr/local/netcdf_install/include? #> netCDF directory path

setenv MPI_LIB_DIR???? /usr/local/openmpi_install??? #> MPI directory path

出現這個，表示成功

6、打開CCTM，進入scripts文件夾，運行bldit_cctm.csh

cd CCTM/scripts/

./bldit_cctm.csh gcc

cd BLD_CCTM_v52_gcc/

ls *exe

?

八、測試數據運行

1、解壓，移動解壓文件到/data下

tar -xvf CMAQv5.2_Benchmark_SingleDay_Input_09_12_2017.tar.gz

mv SE52BENCH CMAQ-5.2/data

2、進入CCTM/scripts，修改run_cctm.csh腳本

cd CCTM/scripts

vi run_cctm.csh

mpi：并行

NPCOL×NPROW=總核數，根據電腦配置

注釋limit和unlimit，設置MPI、MPIRUN、time mpirun

./run_cctm.csh gcc

3、運行data文件夾生成output文件夾，進入查看LOGS，查看日志文件，顯示Program completed successfully

參考文章

https://blog.csdn.net/weixin_46296318/article/details/106838924

https://blog.csdn.net/oZuoYu123/article/details/90285971#commentBox

https://blog.csdn.net/weixin_46296318/article/details/106838924

https://www.cnblogs.com/mahone0119/p/11162414.html

http://blog.sciencenet.cn/blog-2733016-1108689.html

總結

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