PCoA分析

一文學(xué)會PCA/PCoA相關(guān)統(tǒng)計檢驗(PERMANOVA)和可視化 詳細(xì)論述了PERMANOVA 檢驗（也包括最基本的方差檢驗基礎(chǔ)），PERMANOVA檢驗的問題，并提供了代碼生成 PCoA+統(tǒng)計結(jié)果。

下面我們看下如何在線完成這個操作。

輸入數(shù)據(jù)

輸入數(shù)據(jù)支持 2 種，一種是標(biāo)準(zhǔn)化后的 OTU 表(太愁了！這個分析需要哪種數(shù)據(jù)？原始count？標(biāo)準(zhǔn)化？抽平？FPKM？TPM？)，一種是計算好的距離矩陣。

OTU 表

每一行為一個OTU，每一列為一個樣品。

ID    Sample1    Sample2    Sample3    Sample4    Sample5    Sample6    Sample7    Sample8    Sample9    Sample10    Sample11    Sample12    Sample13    Sample14    Sample15    Sample16    Sample17    Sample18    Sample19    Sample20
OTU_1    1    3    0    0    2    2    2    0    0    4    0    0    0    0    0    0    2    0    0    0
OTU_2    0    0    4    8    0    0    0    4    3    0    0    4    5    4    4    7    0    0    0    5
OTU_3    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    0    2    0    3    0
OTU_4    0    2    7    2    0    0    0    5    3    0    0    8    5    0    0    4    0    0    0    0

如果給定 OTU 表，還可以進一步選擇數(shù)據(jù)歸一化方式、距離計算算法和是否加權(quán)等。

距離矩陣

每一行和每一列都是樣品之間的距離。

bray_curtis    KO1    KO2    KO3    KO4    KO5    KO6    OE1    OE2    OE3    OE4    OE5    OE6    WT1    WT2    WT3    WT4    WT5    WT6
KO1    0    0.282    0.317    0.267    0.332    0.253    0.327    0.357    0.319    0.288    0.292    0.311    0.310    0.319    0.301    0.311    0.326    0.283
KO2    0.282    0    0.355    0.338    0.432    0.308    0.331    0.331    0.332    0.326    0.297    0.325    0.298    0.339    0.283    0.295    0.342    0.295
KO3    0.317    0.355    0    0.314    0.331    0.316    0.422    0.398    0.357    0.355    0.358    0.407    0.375    0.364    0.365    0.351    0.355    0.324
KO4    0.267    0.338    0.314    0    0.325    0.262    0.397    0.401    0.347    0.334    0.332    0.386    0.333    0.335    0.347    0.344    0.337    0.323

實驗設(shè)計信息

至少 2 列，第一列為樣本名字，系統(tǒng)會檢測與數(shù)據(jù)表是否一致；第二列為樣本屬性，一般是分組信息。在線平臺設(shè)置了該信息為必選項。

ID    A1    Moisture    Management    Use    Manure
Sample1    2.8    1    SF    Haypastu    4
Sample2    3.5    1    BF    Haypastu    2
Sample3    4.3    2    SF    Haypastu    4
Sample4    4.2    2    SF    Haypastu    4

必選參數(shù)

把數(shù)據(jù)粘貼或上傳后，點擊Check data核對數(shù)據(jù)是否有問題。

為了避免一般性錯誤，在線平臺設(shè)置了一個必選項Color variable。該選項有 2 個用途：

1. 設(shè)置樣本點的顏色

2. 設(shè)置樣本點的分組信息 (如果 Group variable沒設(shè)置的情況下)

之所以這么設(shè)計，是習(xí)慣上樣本點的顏色屬性一般等同于分組屬性。

美化參數(shù)、統(tǒng)計參數(shù)

與其它工具類似，不再贅述。

查看結(jié)果

訪問網(wǎng)址：http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27MzQ%3D%27 （點擊閱讀原文直達）

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總結(jié)

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