ggsurvplot的p值到底是如何计算的
生活随笔
收集整理的這篇文章主要介紹了
ggsurvplot的p值到底是如何计算的
小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
寫在前面
如題,大概就是為了探索這個ggsurvplot函數的p值是如何計算的,首先調用命令
fit <- survfit(Surv(DFS,status)~Group,score_v)ggsurvplot(fit,palette = 'jco',size=1.3,pval=TRUE,pval.method = TRUE,legend.labs=c("High","Low"), legend.title='Score',xlab="Time(years)",ylab='Overall survival',ggtheme = mytheme)
pval.method = TRUE該參數設置為T后,它會提示用了哪種方法計算p值,結果就是
同樣的這個函數的幫助文檔中也有更細節的部分,
利用函數計算p值
那么利用這個思路,查閱相關資料https://www.rdocumentation.org/packages/survminer/versions/0.4.9/topics/surv_pvalue
給出了這個答案
后續探索
有人也在github提出了這個問題,https://github.com/kassambara/survminer/issues/453,但說是解決了
library(survival)
library(survminer)
View(lung)
attach(lung)
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data= lung)
ggsurvplot(fit, data = lung, ggtheme= theme_bw(), risk.table = F, pval = TRUE, pval.method = TRUE, surv.median.line = "hv", tables.height = 0.2, xlim = c(0, 110),log.rank.weights= "n" )
survdiff(Surv(time, status) ~ sex, rho = 1)
surv_pvalue(fit, method = "Gehan-Breslow")
三個結果都一致
所以按這個思路解決就行
總結
以上是生活随笔為你收集整理的ggsurvplot的p值到底是如何计算的的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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