NCBI大搜索之目的基因尋蹤

最近經常碰到查找目的基因的問題，那今天就講一下如何利用NCBI數據庫查找目的基因！

NCBI(National Center For Biotechnology Information),美國國家生物技術信息中心，分子生物學，生物化學及遺傳學領域常用數據庫。

下面以人的GAPDH為例教你如何利用NCBI數據庫尋找目的基因：

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打開NCBI主頁，選擇需要查詢的數據庫，以查詢基因序列為例，選擇”gene”,并在搜索框內輸入查詢內容，此處以“GAPDH”為例，點擊search。

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search后出現所有已經report的所有GAPDH序列，以人的GAPDH為例，點擊需要查看的基因。

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下方打開的對話框為人的GAPDH的基因信息，包含基因序列和氨基酸序列，基因在染色體上的絕對位置，基因在個組中的表達情況等信息。

該基因的轉錄本信息，SNP信息

基因在各組織中表達情況

該基因文獻情況

中間省略很多其他的相關信息

下面是基因的序列信息

其中1.2.3等分別代表的為基因的不同轉錄本，mRNA我們一般重點關注NM開頭的，非編碼RNA一般會以NR開頭，XM為生物信息預測的轉錄本信息。

有時文章中還會提到用到的相關自己提交到數據庫中的序列。

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下面就是如何找到目的基因序列

一般每個基因的轉錄本1是研究最多的，可以從轉錄本編號后邊的“.幾”來判斷該轉錄本更新的次數，更新的次數越多代表該轉錄本研究的越多，被研究的時間也越早。

可以看到該轉錄本的信息

可以直接點擊左側的超鏈接，直接跳轉到對應序列位置，并深色顯示

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還可以直接從序列右上角，進行便捷的序列blast和引物設計

本文僅為個人經驗總結，小伙伴有什么好的經驗可互相交流學習！！！

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的ncbi查找目的基因序列_NCBI大搜索之目的基因寻踪的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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