蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測通常被認(rèn)為是蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測的第一步，是根據(jù)它們被預(yù)測的局部結(jié)構(gòu)，對蛋白序列中的氨基酸進(jìn)行分類。二級結(jié)構(gòu)的預(yù)測方法通常分為多序列列線預(yù)測和單序列預(yù)測的方法。由于單序列預(yù)測所提供的信息只是殘基的順序而沒有其空間分布的信息，所以單序列預(yù)測的算法預(yù)測準(zhǔn)確率并不高而且對于一些特殊結(jié)構(gòu)，這些算法很難預(yù)測成功。多序列列線預(yù)測和神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的應(yīng)用大大提高了二級結(jié)構(gòu)預(yù)測的準(zhǔn)確度，通過對序列比對的預(yù)測可以明確的提供單一位點在三維結(jié)構(gòu)上的信息。這樣通常二級結(jié)構(gòu)預(yù)測的準(zhǔn)確率比單序列預(yù)測能夠提高１０%.許多方法據(jù)說可達(dá)到70%-77%，****目前較為常用的幾種方法有：PHD、PSIPRED、Jpred、PREDATOR、PSA。其中最常用的是PHD。****PHD結(jié)合了許多神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)的成果，每個結(jié)果都是根據(jù)局部序列上下文關(guān)系和整體蛋白質(zhì)性質(zhì)（蛋白質(zhì)長度、氨基酸頻率等）來預(yù)測殘基的二級結(jié)構(gòu)。那么，最終的預(yù)測是這些神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)每個輸出的算術(shù)平均值。這種結(jié)合方案被稱為陪審團(tuán)決定法（jury decision）或者成為所有勝利者（winner-take-all）法。PHD被認(rèn)為是二級結(jié)構(gòu)預(yù)測的標(biāo)準(zhǔn)。一論壇版主收集的二級結(jié)構(gòu)預(yù)測網(wǎng)站：http://www.enzim.hu/hmmtop/http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS/http://sosui.proteome.bio.tuat ... .htmlhttp://www.sbc.su.se/~erikw/toppred2/http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.htmlhttp://www.jenner.ac.uk/bprompt/http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.htmlhttp://nightingale.lcs.mit.edu/cgi-bin/scorehttp://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/http://www.stepc.gr/~synaptic/sigfind.htmlhttp://www.cbs.dtu.dk/services/ChloroP/http://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/np ... .htmlhttp://www.embl-heidelberg.de/~andrade/k2d/http://www.psipred.nethttp://www.cse.ucsc.edu/resear ... .htmlhttp://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9 ... .htmlhttp://www.compbio.dundee.ac.uk/~www-jpred/http://jura.ebi.ac.uk:8888/http://www.aber.ac.uk/~phiwww/prof/http://www.embl-heidelberg.de/ ... .htmlhttp://www.cmpharm.ucsf.edu/~nomi/nnpredict.htmlhttp://pbil.ibcp.fr/cgi-bin/np ... .htmlhttp://protinfo.compbio.washington.edu/http://cubic.bioc.columbia.edu/predictprotein/

蛋白質(zhì)二級結(jié)構(gòu)預(yù)測網(wǎng)站有很多，但貌似都是國外網(wǎng)站，推薦一個：http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/

總結(jié)

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