16SDNA空载如何解决?
生活随笔
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16SDNA空载如何解决?
小編覺(jué)得挺不錯(cuò)的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個(gè)參考.
1)造成空載多的原因可能是連接做的不好,導(dǎo)致載體自連,轉(zhuǎn)化之后大部分都是空載。解決方法:控制好載體和PCR產(chǎn)物的比例,PCR產(chǎn)物要過(guò)量,這樣能減少自連的情況。在轉(zhuǎn)化過(guò)程中用藍(lán)白斑顯色,能直接看出克隆中是否帶有插入片段,即使是陽(yáng)性克隆,也最好做個(gè)PCR驗(yàn)證,確認(rèn)插入片段符合目標(biāo)長(zhǎng)度。2)測(cè)到的不是目標(biāo)產(chǎn)物,那就是非特異性擴(kuò)增的產(chǎn)物,可以嘗試提高退火溫度,增加引物和模板配對(duì)的特異性。16S擴(kuò)增的片段中這種情況一般是比較少的。3)建議用16S高通量測(cè)序替代克隆文庫(kù)的做法,高效經(jīng)濟(jì)。
空載,一個(gè)是沒(méi)有片段插入。一個(gè)是培養(yǎng)過(guò)程中片段丟失。第二種不需特殊條件培養(yǎng)一般發(fā)生的可能性比較小。PCR鑒定易受外界環(huán)境條件影響,一般建議使用酶切鑒定。假如酶切鑒定沒(méi)有問(wèn)題那您可以使用擴(kuò)增引物測(cè)序或者目的片段上引物進(jìn)行測(cè)序,如若有插入片段可以得到測(cè)序結(jié)果,如若無(wú)片段結(jié)果為模板與引物不結(jié)合.這樣可以排除您實(shí)驗(yàn)問(wèn)題.如您懷疑測(cè)序問(wèn)題可以進(jìn)行驗(yàn)證,驗(yàn)證方法一般為:取您的原始菌液重新接菌提取質(zhì)粒進(jìn)行測(cè)序反應(yīng),結(jié)果一致將收取兩次費(fèi)用,結(jié)果不一致將收取正確費(fèi)用
空載,一個(gè)是沒(méi)有片段插入。一個(gè)是培養(yǎng)過(guò)程中片段丟失。第二種不需特殊條件培養(yǎng)一般發(fā)生的可能性比較小。PCR鑒定易受外界環(huán)境條件影響,一般建議使用酶切鑒定。假如酶切鑒定沒(méi)有問(wèn)題那您可以使用擴(kuò)增引物測(cè)序或者目的片段上引物進(jìn)行測(cè)序,如若有插入片段可以得到測(cè)序結(jié)果,如若無(wú)片段結(jié)果為模板與引物不結(jié)合.這樣可以排除您實(shí)驗(yàn)問(wèn)題.如您懷疑測(cè)序問(wèn)題可以進(jìn)行驗(yàn)證,驗(yàn)證方法一般為:取您的原始菌液重新接菌提取質(zhì)粒進(jìn)行測(cè)序反應(yīng),結(jié)果一致將收取兩次費(fèi)用,結(jié)果不一致將收取正確費(fèi)用
總結(jié)
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