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"Blue"这款DNA序列误差校正工具怎么样?

發(fā)布時間:2023/11/24 万象百科 35 博士
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 "Blue"这款DNA序列误差校正工具怎么样? 小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.
目前呢,研究人員,將最好的誤差校正工具與標準的生物信息學分析流程相結(jié)合,可以產(chǎn)生更高質(zhì)量的基因組數(shù)據(jù)和更準確預(yù)估的基因變異。然而,"Blue"這款DNA序列誤差校正工具也不能完全準確得校正。因為準確地校正誤差本身就是一個難題,主要是因為基因組的重復(fù)性和模糊性。不過,校正簡單的堿基置換(substitution)誤差是很容易的

“Blue”這款DNA序列校正工具是由澳大利亞悉尼大學的研究人員與英聯(lián)邦科學與工業(yè)研究組織(CSIRO)的同事最近發(fā)布的。Blue是一種高性能的C#應(yīng)用程序,可在Windows系統(tǒng)、Mono on Linux和OS X運行。Blue的特點有:1、明顯快于其他可用的工具,特別在Windows系統(tǒng)中,更加準確。2、它能糾正所有三種類型的可能誤差(substitutions、deletions和insertions),使其適合用于Roche 454和Life Technologies Ion Torrent系統(tǒng)所產(chǎn)生的測序數(shù)據(jù)。3、可校正與另一組讀長具有一致序列的一組讀長,即“交叉校正cross-correction”方法。

總結(jié)

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