如何查找一个基因的转录起始位点?
生活随笔
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如何查找一个基因的转录起始位点?
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轉錄起始位點是指與新生RNA鏈第一個核苷酸相對應DNA鏈上的堿基,通常為一個嘌呤(A或G)。一般轉錄起始位點的上游都有雨RNA聚合酶結合的啟動子區域。1.確定自己做的那個物種有沒有基因組序列,如果有在NCBI中先找到自己要做的基因,找到基因組序列,做blast后在基因組上選取上游的大概1000多個堿基,然后用軟件分析,;2.如果沒有基因組序列,就需要用染色體位移技術,先克隆到哪個序列,接著用軟件做分析,通過實驗驗證,才能完全確定你需要的轉錄起始位點。
轉錄起始位點是指與新生RNA鏈第一個核苷酸相對應DNA鏈上的堿基,通常為一個嘌呤(A或G)。一般轉錄起始位點的上游都有雨RNA聚合酶結合的啟動子區域,是不是可以根據這個來大致確定一下你的轉錄起始位點。1.原核生物中,絕大部分啟動子都存在-10bp處的TATA區和-35bp處的TTGACA區,它們是RNA聚合酶和啟動子的結合位點,然后看看它大致能不能粗略確定轉錄起始位點2.真核生物鐘,主要的結合位點是轉錄起始位點上游-25~-30bp的TATAAA區和-70~-78bp的CCAAT區3.上NCBI上看看通過基因序列,能不能確定你的轉錄起始位點。
轉錄起始位點是指與新生RNA鏈第一個核苷酸相對應DNA鏈上的堿基,通常為一個嘌呤(A或G)。一般轉錄起始位點的上游都有雨RNA聚合酶結合的啟動子區域,是不是可以根據這個來大致確定一下你的轉錄起始位點。1.原核生物中,絕大部分啟動子都存在-10bp處的TATA區和-35bp處的TTGACA區,它們是RNA聚合酶和啟動子的結合位點,然后看看它大致能不能粗略確定轉錄起始位點2.真核生物鐘,主要的結合位點是轉錄起始位點上游-25~-30bp的TATAAA區和-70~-78bp的CCAAT區3.上NCBI上看看通過基因序列,能不能確定你的轉錄起始位點。
總結
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