dsDNA微陣列芯片也稱蛋白結(jié)合微陣列芯片,最早報(bào)道于1999年,當(dāng)時(shí)美國Harvard大學(xué)Bulyk實(shí)驗(yàn)室在Affymetrix公司原位合成的單鏈DNA微陣列芯片的基礎(chǔ)上,采用引物退火再進(jìn)行DNA聚合酶延伸的辦法制備dsDNA微陣列芯片。該類芯片在玻片表面固定成千上萬的雙鏈DNA探針分子(如含有10堿基隨機(jī)組合序列的410個探針),每個探針分子上都含有一個待考察的與某一轉(zhuǎn)錄因子蛋白可能結(jié)合的DNA位點(diǎn);將一種轉(zhuǎn)錄因子蛋白與這樣的dsDNA微陣列芯片反應(yīng),就可以在一次實(shí)驗(yàn)中獲得該轉(zhuǎn)錄因子蛋白與大量DNA位點(diǎn)的結(jié)合信息,包括結(jié)合的特異性及相對親和性。目前,隨機(jī)組合序列(k-mer)高密度dsDNA微陣列芯片已經(jīng)成功地用于繪制轉(zhuǎn)錄因子的體外DNA結(jié)合譜[75~77],使得轉(zhuǎn)錄因子及其他DNA結(jié)合分子的體外DNA結(jié)合譜研究取得了巨大的進(jìn)展。截止2009年,Bulyk實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)運(yùn)用PBM技術(shù)成功繪制了104個小鼠轉(zhuǎn)錄因子蛋白的精細(xì)DNA結(jié)合譜,這對認(rèn)識大量轉(zhuǎn)錄因子的DNA結(jié)合特異性、親和性等生物學(xué)特征發(fā)揮了重要作用。這些研究還表明PBM技術(shù)可高通量鑒定轉(zhuǎn)錄因子蛋白的順式調(diào)控元件和繪制轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

總結(jié)

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