雖然dsDNA微陣列芯片功能強大,但目前使用dsDNA微陣列芯片進行轉錄因子DNA結合譜的研究還受到一些不利因素的限制。例如,dsDNA微陣列芯片的研究需要設計并制備高密度dsDNA微陣列芯片,而目前能夠制備高密度DNA微陣列芯片的公司只有美國Affymetrix和NimbleGen兩家,定制一張含有1048576個探針(包含所有可能10堿基隨機組合序列)的高密度dsDNA微陣列芯片,其價格不低于3萬元,加上蛋白、一抗及熒光標記二抗等試劑,一次dsDNA微陣列芯片結合實驗的費用在4萬元左右。若一個轉錄因子蛋白做3個重復實驗,測定一個轉錄因子蛋白結合譜的最少費用將達12萬元。當DNA結合位點的長度較大時,一張芯片很難容納所有探針,不得不分片,而這將影響實驗中不同探針間的可比性,并且進一步顯著增高實驗費用。因此,基于dsDNA微陣列芯片繪制轉錄因子DNA結合譜的研究還存在成本高、實驗環節煩瑣等不足,依靠dsDNA微陣列芯片繪制大量轉錄因子的體外DNA結合譜目前還面臨一定的困難。

總結

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