全基因組的甲基化檢測也是高通量檢測，現在已經有了多種技術手段來檢測全基因組的甲基化水平。傳統的定量測定基因組整體DNA甲基化水平的方法是高效液相色譜柱（HPLC）法，將DNA水解后的產物通過高效液相色譜，用紫外吸光色譜測定其吸收峰值及量，計算峰面積就可以得到DNA甲基化水平。在此基礎上，高效毛細管電泳法(HPCE)也能分析DNA水解產物，而且更加簡便、快速、經濟。還有一些HPLC相關方法，比如變性高效液相色譜法，可以用于檢測單核苷酸和DNA分子。SssI 甲基轉移酶法，原理是放射性標記后3H-S-腺苷甲硫氨酸(3H-SAM)會在SssI甲基轉移酶作用下使基因組甲基化。而由剩余的放射性標記的SAM的量就可得到原基因組整體甲基化水平，因為剩余的放射性強度與所測DNA甲基化水平成反比。免疫化學法也可以測量基因組整體水平的甲基化，經過熒光素標記的抗體可以與樣本DNA特異性結合，儀器掃描得到的熒光素強度與甲基化程度成正比。氯乙醛法是比較新的測量基因組整體水平的甲基化的方法，它的原理是氯乙醛可以與胞嘧啶反應生成帶有強熒光的乙烯胞嘧啶。操作過程是先將樣本DNA與重亞硫酸鹽反應，未甲基化的胞嘧啶會轉變為尿嘧啶，通過銀處理掉DNA鏈的嘌呤后，加入氯乙醛，剩下的甲基化胞嘧啶就轉變為乙烯胞嘧啶了 。通過檢測熒光強度就可以得到甲基化水平。

總結

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