分子生物信息数据库种类繁多,有具体的分类吗?
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分子生物信息数据库种类繁多,有具体的分类吗?
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補(bǔ)充說下4大分類相關(guān)的一次數(shù)據(jù)庫和二次數(shù)據(jù)庫。分子生物信息學(xué)的基本數(shù)據(jù)資源,通常稱為基本數(shù)據(jù)庫,初始數(shù)據(jù)庫,也稱一次數(shù)據(jù)庫。根據(jù)生命科學(xué)不同研究領(lǐng)域的實(shí)際需要,對基因組圖譜、核酸和蛋白質(zhì)序列、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)以及文獻(xiàn)等數(shù)據(jù)進(jìn)行分析、整理、歸納、注釋,構(gòu)建具有特殊生物學(xué)意義和專門用途的二次數(shù)據(jù)庫,是數(shù)據(jù)庫開發(fā)的有效途徑。近年來,世界各國的生物學(xué)家和計(jì)算機(jī)科學(xué)家合作,已經(jīng)開發(fā)了幾百個(gè)二次數(shù)據(jù)庫和復(fù)合數(shù)據(jù)庫,也稱專門數(shù)據(jù)庫、專業(yè)數(shù)據(jù)庫、專用數(shù)據(jù)庫。一般說來,一次數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)庫量大,更新速度快,用戶面廣,通常需要高性能的計(jì)算機(jī)硬件、大容量的磁盤空間和專門的數(shù)據(jù)庫管理系統(tǒng)支撐。二次數(shù)據(jù)庫種類繁多,以核酸數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ)構(gòu)建的二次數(shù)據(jù)庫有基因調(diào)控轉(zhuǎn)錄因子數(shù)據(jù)庫TransFac,真核生物啟動子數(shù)據(jù)庫EPD,克隆載體數(shù)據(jù)庫Vector,密碼子使用表數(shù)據(jù)庫CUTG等。以蛋白質(zhì)序列數(shù)據(jù)庫為基礎(chǔ)構(gòu)建的二次數(shù)據(jù)庫有蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)數(shù)據(jù)庫Prosite,蛋白質(zhì)功能位點(diǎn)序列片段數(shù)據(jù)庫Prints,同源蛋白家族數(shù)據(jù)庫Pfam,同源蛋白結(jié)構(gòu)域數(shù)據(jù)庫Blocks。
分子生物信息數(shù)據(jù)庫種類確實(shí)很多,歸納起來大致可以分為4個(gè)大類,即基因組數(shù)據(jù)庫、核酸和蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)序列數(shù)據(jù)庫、生物大分子(主要是蛋白質(zhì))三維空間結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫及以上述3類數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)資料為基礎(chǔ)構(gòu)建的二次數(shù)據(jù)庫。
分子生物信息數(shù)據(jù)庫種類確實(shí)很多,歸納起來大致可以分為4個(gè)大類,即基因組數(shù)據(jù)庫、核酸和蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)序列數(shù)據(jù)庫、生物大分子(主要是蛋白質(zhì))三維空間結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫及以上述3類數(shù)據(jù)庫和文獻(xiàn)資料為基礎(chǔ)構(gòu)建的二次數(shù)據(jù)庫。
總結(jié)
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