可以讀一下這篇文章 Multi-platform assessment of transcriptome profiling using RNA-seq in the ABRF next-generation sequencing studyhttp://www.nature.com/nbt/jour ... .html簡單的說就是測量基因表達量時，差異不是很大；對于splice junction and variant detection，差異比較大。RNA-Seq和microarry的吻合性很多人都做過，基本上都說相關性很高。比如這篇文章The concordance between RNA-seq and microarray data depends on chemical treatment and transcript abundancehttp://www.nature.com/nbt/jour ... .html

樓上提供了文獻，我就根據之前的經驗簡單說下吧：RNA-seq建庫時一般有個步驟會比較讓人糾結，就是拿到cDNA片段的過程，是將mRNA全長直接打斷片段化以后再反轉錄，還是將mRNA全長反轉錄后再打斷比較好，從實際可操作性上來說，一般大部分會選擇前者，因為可實踐性更好，如果直接針對全長mRNA進行反轉錄，很難拿到均一的全長cDNA，很多時候最終測到的結果會有相對比較明顯的3’端或5‘端偏向性，這對于后期的分析是會有影響的。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的不同的建库方法以及不同的实验室操作对RNA-Seq结果有何影响？与microarray相比吻合性如何？的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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