不一定全部可靠。隨著測(cè)序技術(shù)的迅速發(fā)展和測(cè)序成本的極速降低，越來越多基因組數(shù)據(jù)的出現(xiàn)，不可避免的有“魚目混珠”現(xiàn)象發(fā)生。近期，就有科研人員發(fā)現(xiàn)，現(xiàn)在生物界普遍使用的一個(gè)數(shù)據(jù)庫genebank中存儲(chǔ)的基因組草圖并不是完全可靠的，不少動(dòng)植物基因組中存在細(xì)菌，病毒或其他微生物污染，具體有在綿羊和奶牛的基因組草圖中發(fā)現(xiàn)了淋球菌基因的存在，推測(cè)源自微生物污染。這項(xiàng)研究值得科研人員們反思，大部分情況下，genebank上的基因組都被認(rèn)為是完整可信的，但最近的研究不僅發(fā)現(xiàn)動(dòng)植物基因組中可能存在微生物基因污染，甚至有些微生物本以為是完成圖的基因組圖譜也可能是引入了DNA插入錯(cuò)誤的草圖而已。這些錯(cuò)誤的發(fā)生可能源于測(cè)序過程中的外部污染，也可能是研究者們對(duì)數(shù)據(jù)組裝工具的誤用，甚至可能是基于不完整的草圖進(jìn)行分析時(shí)產(chǎn)生的錯(cuò)誤。比如微生物基因組，大部分能得到的數(shù)據(jù)都是草圖，其中還有多個(gè)gap，而后續(xù)分析往往基于此結(jié)果進(jìn)行，這時(shí)候如果不深入分析，很可能會(huì)將誤認(rèn)為這些是基因水平轉(zhuǎn)移導(dǎo)致的。至于測(cè)序過程中的污染問題，可能發(fā)生于多個(gè)環(huán)節(jié)，從DNA提取到最終加接頭測(cè)序，都有污染的可能。特別是針對(duì)一些昆蟲等小型生物，進(jìn)行基因組測(cè)序時(shí)需要的DNA量常常需要對(duì)這些生物的整個(gè)個(gè)體進(jìn)行DNA抽提，這樣發(fā)生污染的幾率就會(huì)更高。

細(xì)思極恐呀。。。。。隨著基因組測(cè)序技術(shù)的飛速發(fā)展以及測(cè)序成本的快速降低，全基因組數(shù)據(jù)也在急速增加。盡管參考基因組數(shù)據(jù)是非常有價(jià)值的資源，但是由于測(cè)序過程中的外源污染或者研究者對(duì)數(shù)據(jù)組裝方法的誤用，使得基因組數(shù)據(jù)面臨很多問題。近日，約翰霍普金斯大學(xué)的研究者在《Peer J》上發(fā)表一項(xiàng)研究，發(fā)現(xiàn)Genbank上存儲(chǔ)的動(dòng)植物基因組草圖中存在細(xì)菌及病毒污染。這些物種間交叉污染會(huì)給微生物分析的發(fā)展造成很多問題，例如，即便在動(dòng)物測(cè)序數(shù)據(jù)中出現(xiàn)部分基因序列可以證明生命起源，但實(shí)際上這部分序列可能是來自是微生物污染。該研究的另一個(gè)驚人的發(fā)現(xiàn)是，在奶牛和綿羊的基因組草圖中發(fā)現(xiàn)了淋球菌！盡管Genbank上存儲(chǔ)的基因組被認(rèn)為是完整的，但一些細(xì)菌的基因組其實(shí)是含有多處DNA插入錯(cuò)誤的草圖。從1995年，測(cè)序獲得了第一個(gè)細(xì)菌全基因組——流感嗜血桿菌基因組，到現(xiàn)在，Genbank數(shù)據(jù)庫上存儲(chǔ)了大約2萬7千個(gè)原核生物基因組以及1千6百個(gè)真核生物基因組。但絕大部分?jǐn)?shù)據(jù)是基因組草圖，序列中存在多處gap（漏洞），而后續(xù)分析都是基于這些不完整的基因組草圖。如果不深入分析判斷，很可能認(rèn)為只是基因水平轉(zhuǎn)移引起這些錯(cuò)誤，因此需要更科學(xué)的、正確的分析基因組中出現(xiàn)的錯(cuò)誤。基因組測(cè)序的第一步是提取DNA，根據(jù)物種的不同，獲取DNA的方式也是各式各樣。對(duì)于動(dòng)物，通常從血液中提取DNA，但是像昆蟲這樣的微小動(dòng)物，需要從整個(gè)個(gè)體中提取測(cè)序所需的DNA。從DNA提取到測(cè)序，都存在污染的可能性。計(jì)算機(jī)對(duì)測(cè)序原始數(shù)據(jù)的過濾只能去除例如大腸桿菌一類實(shí)驗(yàn)室常見污染，對(duì)于其它種類的污染是很難去除的。需要強(qiáng)調(diào)的是，不僅要對(duì)即將發(fā)表的基因組進(jìn)行仔細(xì)篩查，還包括那些已經(jīng)發(fā)表的數(shù)據(jù)。轉(zhuǎn)自：http://weibo.com/biodiscover%3 ... %23_0

正常情況下應(yīng)該基本可靠的吧，這些數(shù)據(jù)庫都來自實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)，一般情況下不會(huì)出什么差錯(cuò)。但偏差難免會(huì)有，比如如果測(cè)序的取材不當(dāng)，或者一些工作者在測(cè)序中的失誤造成的比必要的偏差現(xiàn)在可能也難以避免，我覺得這些數(shù)據(jù)庫應(yīng)該建立相應(yīng)的驗(yàn)證機(jī)制。

總結(jié)

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