功能克隆確實有不足之處，主要是由于大多數癥狀的生理、生化變化很復雜，對與之有關的蛋白質了解甚少，對其基因表達主要組織也知之不多。其次，不同組織以至于同一組織的蛋白質與mRNA的“正常”差異很難與特異性差異區別。這造成了在“定位克隆”問世之前，僅有少數疾病相關基因被克隆，但功能克隆技術成熟、方法直接、費用較低，迄今仍是克隆基因的首選策略。

功能克隆（funetional cloning）是利用疾病已知的遺傳損傷而引起的生化功能如蛋白質缺陷的信息，進行基因定位，進而克隆該致病基因。其缺點;1.生態層面，克隆技術導致的基因復制，會威脅基因多樣性的保持，生物的演化將出現一個逆向的顛倒過程，即由復雜走向簡單，這對生物的生存是極為不利的。2.文化層面，克隆人是對自然生殖的替代和否定，打破了生物演進的自律性，帶有典型的反自然性質。與當今正在興起的祟尚天人合一、回歸自然的基本文化趨向相悖。

總結

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