現在有一種ChIRP-seq的方法可以用來研究長鏈非編碼RNA的功能，幫助發現它們的調控位點。長鏈非編碼RNA一般是通過在細胞核內與一些RNA的結合來發揮作用的，這些被結合的RNA可能是轉錄因子、染色質修飾酶，長鏈非編碼RNA可以通過與它們結合發揮調控基因表達的作用。CHIRP-seq的方法就是利用檢測與RNA結合的DNA，對其進行高通量測序，進而達到研究長鏈非編碼RNA功能的目的。這種方法會先進行一次交聯，將RNA與DNA或蛋白進行交聯，之后將進行過交聯的DNA片段化，這時候再設計探針，把交聯有DNA片段的RNA捕獲下來，這樣與之交聯的DNA片段也就能獲得，之后再把這些DNA片段進行高通量測序。測序之后進行分析就可以知道這些RNA結合到了基因組哪些區域，進而確定這些RNA的功能靶基因。此外，還有一種非編碼RNA沉默與定位分析（c—KLAN）技術，可用于對lncRNA進行功能缺失研究和細胞定位。這種技術利用現有已知lncRNA設計引物，并將其逆轉錄為cDNA后擴增，之后一方面將擴增產物在體外轉錄生成dsRNA，并將dsRNA使用內切酶酶切后制備esiRNA來進行功能缺失研究；另一方面則用熒光標記的UTP對擴增產物在體外轉錄生成正義或反義fish探針，用于對lncRNA進行定位分析。還有就是利用生物信息學方法預測lncRNA的功能，一般的預測策略有以下幾種：比較基因組學策略、與編碼基因共表達分析策略、通過與miRNA或蛋白的相互作用預測。

總結

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