樓上說的RNA測序是一種很有潛力的手段。此外，DNA比對也是一種手段。通過DNA比對，可以發(fā)現(xiàn)具體是哪個堿基的突變。非常直觀。

SSH差減雜交，是基于抑制PCR和差減雜交技術(shù)建立的，SSH方法在研究植物基因的差異表達(dá)方面已得到有效應(yīng)用。　SSH方法一般只用于兩個樣品的差異比較分析,樣品間的差異不宜太大或太小,而對于多個樣品則無能為力,這在很大程度上限制了它的應(yīng)用。不過現(xiàn)在高通量測序比較方便快捷。

在發(fā)現(xiàn)序列差異(如融合基因鑒定、編碼序列多態(tài)性研究)方面,RNA-Seq也展示了其很大的潛力。Zhang等在對水稻轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測序時發(fā)現(xiàn)了234件轉(zhuǎn)錄融合事件,可能是由反式剪接所產(chǎn)生。其中,173件發(fā)生在染色體之間,即兩個RNA前體來自不同的染色體;其余61件發(fā)生在染色體內(nèi)部。Shah等對雌激素受體-α-正轉(zhuǎn)移性乳腺小葉腫瘤的基因組進(jìn)行了重測序,在DNA水平上發(fā)現(xiàn)了32個非同義突變,結(jié)合基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),他們找到了2個未報道過的RNA編輯事件(引導(dǎo)重新編碼SRP9和COG3的氨基酸序列)。上述單核苷酸的突變成為了原發(fā)性早期、中期乳腺癌的特征之一,亦是癌癥病變過程的重要因素。Sugarbaker等利用mRNA深度測序?qū)盒孕啬ち龊蛯φ諛悠愤M(jìn)行比較,發(fā)現(xiàn)了腫瘤中存在的15個不同的點(diǎn)突變。由于大多數(shù)與疾病相關(guān)的單核苷酸變異都發(fā)生在蛋白編碼區(qū),Chepelev等利用RNA-Seq對人Jurkat T細(xì)胞和CD4+ T細(xì)胞外顯子進(jìn)行測序,分別檢測到12176和10621個SNVs(單核苷酸變異體),其中4703和2952個是全新的。

總結(jié)

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