沉默的第二条X染色体
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雌性哺乳動物有兩條X染色體(XX),而雄性只有一條X染色體,另一條是Y染色體(XY)。這種不同會導致一種潛在的失衡,相比于雄性,雌性體內的X染色體會有 1000 多個基因以兩倍量表達。已有證據表明這種失衡會導致早期胚胎死亡。
神奇的是,為了避免這種會造成嚴重后果的基因表達失衡,哺乳動物進化出了一種有效的解決方案:在每個具有兩條X染色體的細胞中,都有一條完整的X染色體被“沉默”,從而防止了 RNA 從其中轉錄出來。這個過程被稱為X染色體失活,是一個在雌性胚胎發育的早期就會開始的過程。
雖然X染色體失活是一個已經被深入研究了幾十年的課題,但一直以來,科學家并不完全了解其背后的分子機制。他們知道的是,這一過程受到一種名為Xist的分子啟動。Xist 是一種長鏈的非編碼 RNA,是一種以細胞的 DNA 為模板的分子,它不攜帶任何制造蛋白質的指令。Xist 會將染色體包裹,誘導其沉默。然而,科學家尚不清楚與 Xist 的沉默機制有關的細節。
直到最近,來自歐洲分子生物學實驗室(EMBL)和巴黎居里研究所的研究人員在《自然》期刊上發表了一篇論文,報道了他們用一系列實驗揭示了 Xist 是如何通過一種名為SPEN的蛋白質共同作用以使基因沉默的。這一研究為X染色體失活的分子基礎提供了重要的新見解。
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Xist 是一種只會在將要失活的X染色體上才被表達的分子。它在將要失活的X染色體上局部擴散,并通過與一系列蛋白質結合使得染色體上的幾乎每個基因沉默。但是一直以來,Xist 導致基因沉默的確切分子機制一直是個謎。
Xist 最初究竟是如何開始抑制第一個活性基因的?解答這一問題的難點部分在于大多數與 Xist 結合的蛋白質都是未知的。在新的研究中,論文的第一作者François Dossin與他的同事識別出在X染色體失活過程中,Xist 必須與 SPEN 蛋白質結合。
活細胞中的 SPEN 蛋白質(綠色)。 圖片來源:François Dossin
為了研究 SPEN 在X染色體失活中所起到的作用,Dossin 等人研究了它是如何在小鼠胚胎和胚胎干細胞中誘導基因沉默的。他們首先做的是快速降解小鼠胚胎干細胞中的 SPEN,以降低 SPEN 的濃度。他們發現,Xist 幾乎完全不能在沒有 SPEN 的情況下使X染色體上的基因沉默。這一結果首次證明,SPEN 是小鼠體內發生X染色體失活的必要條件。他們還發現,SPEN 會抑制X染色體上的那些試圖“規避”失活的“潛逃”基因。
通過在活細胞中用熒光標記分子,研究人員觀測到一旦 Xist 開始啟動X染色體失活過程,SPEN 就會聚集到X染色體上。接著,Xist 會與聚集在那里的 SPEN 結合。然后,SPEN 會與活躍基因的調控區域相互作用。
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在這次研究中,尤為令人眼前一亮的是,Dossin 等人采用了一種叫新的名為“CUT&RUN”的技術來繪制 SPEN 在失活的X染色體上的位置。這表明,在 Xist 開始表達后不久,SPEN 就與活躍的基因啟動子和基因強化子結合。當在基因沉默發生之后,SPEN 就會從這些位點脫離。自此之后,基因在剩余的細胞生命周期中,將一直以失活的狀態存在。
利用一系列經典和前沿的方法,研究人員剖析了 SPEN 在X染色體失活過程中所起到的作用。他們發現,在 SPEN 蛋白質中,一個名為 SPOC 的區域在基因沉默中起著主導作用。他們證實了這個區域能抑制 DNA 轉錄成 RNA,并與幾種參與了 RNA 合成、染色質重構以及染色質修飾的蛋白質相互作用。
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幾十年來,Xist 一直是 RNA 在調節基因表達方面的一個主要例子。通過研究這種 RNA,研究人員或許已經發現了一個新的與基因調控有關的基本信息。領導了這項研究的Edith Heard教授表示,對X染色體失活背后所有分子機制的探索才剛剛開始,她說:“我們發現,SPEN 會與幾個與基因沉默相關的路徑相互作用。既然 SPEN 導致了X染色體失活過程中幾乎所有的沉默,因此下一個要解決的問題就是,這些路徑中有多少能有助于基因沉默。”
總結
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