線粒體DNA的突變率要明顯高于細胞核中的DNA，其原因如下：
首先，線粒體是細胞進行的氧化磷酸化場所，線粒體的DNA位置存在于線粒體基質內或線粒體內膜，所以線粒體DNA與電子傳遞系統相接近，而電子傳遞系統會持續產生活性氧，線粒體中又不能合成谷胱甘肽來清除過氧化物，因此線粒體DNA易受到氧化損傷。
其次，線粒體DNA沒有組蛋白和染色質結構的保護，暴露于易損傷的環境中，加快了受損進程。
第三點就是線粒體DNA與細胞核DNA相比，缺少精確的損傷修復能力。
第四點就是，線粒體DNA分子量小，不存在內含子，所以在整個細胞周期中都處于不斷合成的狀態，這樣的動態過程更易受外界因素的干擾，穩定性差。
第五點，線粒體DNA復制的采用的DNA聚合酶與細胞核DNA不同，校對能力差，并且在轉運RNA的基因部位非常容易形成發夾樣結構，因而在復制過程中發生錯誤的概率要遠大于細胞核DNA。
第六點，線粒體中的脂肪要比細胞核高許多，具有嗜脂性的致癌物就會首先在線粒體DNA上聚集，線粒體DNA在致癌物的作用下發生突變的概率也比細胞核DNA大。
因此，線粒體DNA突變率比細胞核DNA高10-20倍。

總結

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