生信宝典视频教程
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生信寶典自開通以來,就致力于寫最簡單的文字教程,最直觀整潔的排版方式,力求提供舒適的閱讀體驗,力求保證認真看完就可以操作。系列教程,最好從頭開始看。從朋友們的關(guān)注量、閱讀量來看,在一定程度上我們的努力是有效果的。我們秉承在友軍公眾號可以看到的知識點,如果我們覺得沒有需要補充完善的或者寫不出新的視角,就采用引用的方式直接附在一組推送里面,減少重復勞動。
但畢竟知識是復雜的,環(huán)境是多樣的,背景是不同的,學習是需要投入和成本的,所以也會有一些反饋,某些地方?jīng)]有說清楚。雖然有一些是動動手查一查或多讀幾遍、多試一下就可以解決的,但每次反饋,都會讓給已有的文檔一次更新的機會,讓它們變得更易懂,越來越完善。也希望大家能多多反饋。
東西越來越多,有些就不是幾句話、幾段文字可以說清楚的;尤其是操作類的東西,如果詳細記述可能需要耗費太多文字,還有可能越說越不清楚;大片段的文字不要說學習,估計看都不想看了,所以還是利用下多圖、動圖和視頻會更好一些。
多圖系列
插播一下,有些操作類的內(nèi)容,雖然沒有錄制視頻,但幾乎也是一步步截圖出來的。繪圖系列腳本和Linux學習系列,無論是否錄制估計都差別不大,對著文章敲不出來的,錄了視頻,估計也沒效果。
多圖文章如下所示,包括海哥和永鑫的傻瓜系列,癌癥數(shù)據(jù)庫的使用,分子對接,Cytoscape的使用等。
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5d62d62df9e3a243a7e304c816c2a6ac3f878b07ede52010900e7c9136#rd)。這個本來應該錄制視頻的,尤其是可視化部分。但后來寫了代碼簡化了操作,一個命令就可以獲得可視化效果,也就省去了操作過程。
de092aa0712b1bca2975f1cee8fac8342d0a65f836f5f94e9d877#rd)。小慧慧傾力打造的入門教程,截圖呈現(xiàn)Cytoscape的基本界面。
動圖系列
剛?cè)腴T一個語言時,視頻看下別人在什么地方下手寫代碼、如何運行代碼是必要的。有圖有真相,比怎么描述都更清晰。如果有傾慕你的師兄或師姐,Face to face的教一下更好了。
R語言學習 - 入門環(huán)境Rstudio。這是第一篇動圖文章,示例了Rstudio中的操作,方便R入門實踐,是為后續(xù)的繪圖文章服務的。
[不用Linux也可以的強大文本處理方法。這一篇本來用的動圖,但上傳總是失敗,在最后關(guān)頭又改成了截圖。寫一篇文章也不容易,除了構(gòu)思、寫作,還要面對騰訊的限制。點擊原文可以看動圖。](http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI5MTcwNjA4NQ==&mid=2247484250&idx=1&sn=d4759dc05a55643549646c77318c4f96&chksm=ec0dc6d0db7a4
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無聲視頻系列
無聲視頻,部分有字幕。
Python解析psiBlast輸出的JSON文件結(jié)果。較早前錄制的無聲視頻,主要展示了如何一步步解析JSON文件,也是python學習探索的一個小例子,適合讀過并實踐過 Python學習極簡教程 (一) 系列文章 (共6篇,包含較多的生信相關(guān)練習題,入門Python的好幫手)有一定基礎(chǔ)后觀看。
Cytoscape教程1。最早推出的Cytoscape教程,沒有聲音應該不是最大的槽點,因為附有詳細的字幕。但視頻質(zhì)量不高,使得經(jīng)常被吐槽。但內(nèi)容還是不錯的,無論是基礎(chǔ)操作,還是網(wǎng)絡繪制,KEGG通路圖繪制,涉及的內(nèi)容比后期推出的教程更多。這也是秉承不重復造輪子的后遺癥,之前寫過的做過的不想重復來重復去,每次都得搞點新意。
新出爐的Cytoscape視頻教程。最新推出的Cytoscape教程,無聲但是高清。除了彌補之前視頻質(zhì)量低的遺憾,更重要的是最近提供的服務中網(wǎng)絡圖繪制比較多。不斷的操作又有了新的體會,兩份教程最好互補著看。對自己的聲音沒自信,導致又出現(xiàn)了個視頻半成品。以后有了新的操作心得,整合之前的都重新錄制下。聲音好的也歡迎跟我們聯(lián)系,一起錄制。
有聲視頻
UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)。這個視頻是舶來品,官方網(wǎng)站提供到Y(jié)ouTube的視頻。下載下來傳到騰訊視頻,避免了一些訪問不了的操作。看完這個視頻對UCSC XENA的操作一目了然,也讓我意識到視頻的巨大威力。應該對我們設(shè)計實施的網(wǎng)站或提供的結(jié)題報告,也都來一個視頻教程,更清晰,更體貼。
教師節(jié)獻禮 - 文章用圖的修改和排版。這是第一個公開的視頻教程,錄完也沒敢仔細聽,怕沒自信繼續(xù)錄了。上學時,錄制過一個無聲的操作視頻,EXE格式,今天也看了下,也還挺不錯的,內(nèi)容比這個更多,選個黃道吉日也整理下分享出來。 在看過有聲視頻后,熟悉了操作;再看之前的無聲視頻,互補一下。
紀錄片系列
這是友軍公眾號“宏基因組”提供的每周一部紀錄片系列,都是很不錯的片子。
日本NHK的《生命大躍進》。講述了通過高通量測序(NGS)等一系列技術(shù)研究近四十億年間的生命進化歷程。日劇女神新垣結(jié)衣也有加盟,劇中一人分飾姐妹兩角。特效堪比《權(quán)力的游戲》,主演相當國內(nèi)當紅的-趙立穎,感覺值得學習一下。
英國BBC的《人體奧秘》。有史以來第一次以如此清晰的方式,目睹胚胎在一個月到十星期過程中的面部形成過程,——直到這個過程結(jié)束胚胎的體積也還只有一顆菜豆那么大。不過,更令人震驚的或許是影片本身——在子宮中,人類的“變形”并不比什么科幻動畫與電影作品中的機器人來得平淡。
中國CCTV9的《法醫(yī)密檔》。除了“死亡時間”之外,還有如何確定“死者身份”、如何通過一滴干枯的血跡尋找兇手等等。節(jié)目在破解案件的同時,也在傳遞法醫(yī)“為死者代言,為生者謀權(quán)”的職業(yè)精神。
從生到死的全部秘密—人體內(nèi)旅行 inside the living body。制作人員采用顯微攝影技術(shù)、先進的醫(yī)學技術(shù)和心臟斷層(CT)顯像技術(shù),展現(xiàn)了從幼年、青年、成年到老年過程中,人體是如何運作、成長和成熟的。這是人一生從外部到內(nèi)部的旅程,探討了感官及其運作,大腦發(fā)育、消化系統(tǒng)、血液循環(huán)、細胞分裂、骨質(zhì)的硬化和更換、身體死亡,等等。靈活的攝像機追蹤了食物的消化過程(從嘴巴進入食道、胃、小腸、大腸、肛門),以及血液循環(huán)系統(tǒng)(從心臟到靜脈、微血管)和脂肪在腹部與腸道的聚集。還包括人生的許多選擇,如鍛煉、喝酒、抽煙、聽嘈雜音樂、壓力等是如何影響我們身體的功能和健康的。
生信寶典,換個角度學生信
創(chuàng)作挑戰(zhàn)賽新人創(chuàng)作獎勵來咯,堅持創(chuàng)作打卡瓜分現(xiàn)金大獎總結(jié)
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