為什么GEO2R/GEOquery的結(jié)果可能是錯(cuò)的？

在準(zhǔn)備GEO/TCGA培訓(xùn)時(shí)，因?yàn)閿?shù)據(jù)部分來(lái)自NCBI GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，就系統(tǒng)梳理了GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)構(gòu)和存儲(chǔ)方式，順便也看了GEO2R的使用。然后就發(fā)現(xiàn)了一個(gè)問題，可能直接使用GEO2R的分析結(jié)果是錯(cuò)誤的。

原因見下圖 （官網(wǎng)介紹截圖）

而GEO2R的R代碼使用的是GEOquery獲取GSEMatrix，所以如果我們自己寫代碼這樣獲取非原始數(shù)據(jù)時(shí)，也有可能得到的數(shù)據(jù)是不可比的。

所以，還是建議使用工具或命令之前，好好讀一下幫助文檔，做到心中有數(shù)，知其所以然。如果能基于原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，可以做更多的質(zhì)控和更深入的比較。如果不能，分析之前看下數(shù)據(jù)的分布是否均一 (median-centered)。

所以生信寶典的原理類文章，值得好好閱讀。

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從課件中截取GEO簡(jiǎn)介部分分享如下 （只占課件很小一部分）：

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的？的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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