图示不写程序如何根据dbSNP rs号批量获取基因组坐标、相关基因和表型影响
生活随笔
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图示不写程序如何根据dbSNP rs号批量获取基因组坐标、相关基因和表型影响
小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.
最近有個項目希望更新rs號的坐標到hg38的組裝,不想下載全部dbSNP的數(shù)據(jù),就通過ENSEMBL的Biomart做一下提取和轉換。
截圖操作如下:
首先打開網(wǎng)址:http://asia.ensembl.org/biomart/
1. 選擇數(shù)據(jù)集 -?Ensembl?Variant - 選擇人的突變數(shù)據(jù)
2. 過濾染色體 (可選)。此處此關注主染色體,不選擇單體型突變體 (haplotype variants, HSCHR)。
3. 輸入要查找的rs號,最多500個。如果想要全部rs號對應的數(shù)據(jù),這一步可以不操作。默認不過濾,輸出所有突變位點數(shù)據(jù)。
4. 選擇想要輸出的屬性信息,按需選擇。
5. 點擊左上角的Results (見上圖)。獲得下圖的結果,點擊GO可導出。如果網(wǎng)速慢,可選擇發(fā)郵件。利用郵件中的鏈接下載成功率高。
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總結
以上是生活随笔為你收集整理的图示不写程序如何根据dbSNP rs号批量获取基因组坐标、相关基因和表型影响的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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