生物信息學(xué)習(xí)的正確姿勢(shì)

NGS系列文章包括NGS基礎(chǔ)、高顏值在線繪圖和分析、轉(zhuǎn)錄組分析?（Nature重磅綜述|關(guān)于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析?（ChIP-seq基本分析流程）、單細(xì)胞測(cè)序分析?(重磅綜述：三萬(wàn)字長(zhǎng)文讀懂單細(xì)胞RNA測(cè)序分析的最佳實(shí)踐教程)、DNA甲基化分析、重測(cè)序分析、GEO數(shù)據(jù)挖掘（典型醫(yī)學(xué)設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step)）、批次效應(yīng)處理等內(nèi)容。

撰文｜nagashi

編輯｜王聰

排版｜水成文

人們常說(shuō)：錢(qián)不是萬(wàn)能的。但是，錢(qián)卻能在很大程度上反映一個(gè)人的能力。會(huì)掙錢(qián)的人往往在智商、情商、決策力或行動(dòng)力上優(yōu)于常人。

在生命科學(xué)快速發(fā)展的今天，人們也越來(lái)越清楚地認(rèn)識(shí)到智商和情商等在很大程度上是受到基因影響的。

那么，一個(gè)人的收入水平，或者說(shuō)是掙錢(qián)的能力，是否也會(huì)與基因相關(guān)呢？

2019年12月，愛(ài)丁堡大學(xué) W. David Hill 團(tuán)隊(duì)在國(guó)際頂尖學(xué)術(shù)期刊 Nature ?雜志子刊 Nature Communications 雜志上發(fā)表了題為：Genome-wide analysis identifies molecular systems and 149 genetic loci associated with income（全基因組分析確定了與收入相關(guān)的分子系統(tǒng)和149個(gè)遺傳位點(diǎn)）的研究論文。

在該論文中，研究者使用全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）對(duì)來(lái)自英國(guó)生物銀行的286301個(gè)人進(jìn)行家庭收入的基因關(guān)聯(lián)性分析。研究人員確定了30個(gè)獨(dú)立的全基因組顯著位點(diǎn)，其中29個(gè)在以前的工作中未見(jiàn)報(bào)道，還發(fā)現(xiàn)了另外120個(gè)基因座與收入相關(guān)。

此外，研究還發(fā)現(xiàn)與收入差異相關(guān)的基因主要是那些以前發(fā)現(xiàn)的與智力相關(guān)的基因，而智力是導(dǎo)致收入差異的重要原因之一。

社會(huì)經(jīng)濟(jì)背景優(yōu)越的人平均壽命更長(zhǎng)，精神和身體狀態(tài)也比來(lái)自貧困環(huán)境的人更好。了解社會(huì)經(jīng)濟(jì)地位（SEP）與健康之間關(guān)聯(lián)的原因，有助于將社會(huì)的健康和福利差距降至最低。

SEP與健康之間的聯(lián)系通常被認(rèn)為是由環(huán)境因素造成的，包括但不限于獲取資源、暴露于有害或壓力環(huán)境、吸煙、飲食不良、飲酒過(guò)量、缺乏體育鍛煉等行為。最新研究表明，全基因組關(guān)聯(lián)研究（GWAS）可以獲取健康和SEP之間的共同遺傳關(guān)聯(lián)。潛在的多向效應(yīng)在SEP變量（如完成教育年限、家庭收入和社會(huì)剝奪）與生理和心理健康特征（包括壽命）之間的遺傳相關(guān)性中得到了強(qiáng)調(diào)。

與兩種SEP表型相關(guān)的位點(diǎn)（教育和家庭收入）已通過(guò)GWAS得到確認(rèn)，但與其他復(fù)雜性狀（如身高）一致，這些位點(diǎn)加在一起僅占相關(guān)性狀總遺傳力（遺傳力=基因型方差/（基因型方差+環(huán)境方差），即基因?qū)π誀畹挠绊懕壤?#xff09;的一小部分。

就家庭收入而言，對(duì)來(lái)自英國(guó)的96900個(gè)樣本的分析發(fā)現(xiàn)，由普通單核苷酸多態(tài)性（SNPs）標(biāo)記的加性遺傳方差在家庭收入差異約占11% (SE = 0.7%)。在該研究中，兩個(gè)位點(diǎn)具有全基因組的顯著性，但它們共同占總SNP遺傳力不足0.005%。

在本論文中，研究者使用英國(guó)生物銀行的數(shù)據(jù)集來(lái)檢查當(dāng)代英國(guó)樣本中家庭收入的基因關(guān)聯(lián)性（n = 286301）。研究人員確定了30個(gè)獨(dú)立的全基因組顯著位點(diǎn)，其中29個(gè)在以前的工作中未見(jiàn)報(bào)道。研究者使用一種利用遺傳相關(guān)性狀的遺傳力的方法，對(duì)GWAS（MTAG）進(jìn)行多性狀分析，發(fā)現(xiàn)另外120個(gè)基因座與收入相關(guān)。

他們還發(fā)現(xiàn)神經(jīng)發(fā)生和突觸的成分與收入有關(guān)。此外，研究者還將多種大腦皮質(zhì)組織類(lèi)型之間的轉(zhuǎn)錄差異以及GABA能和5-羥色胺能的神經(jīng)傳遞與收入差異聯(lián)系起來(lái)。

通過(guò)與eQTL和染色質(zhì)互作分析，研究人員將上述基因位點(diǎn)縮小至24個(gè)基因，其中18個(gè)是與智力相關(guān)的基因，表明智力是導(dǎo)致收入差異的重要原因。

研究者將收入遺傳相關(guān)性與用另一種SEP遺傳相關(guān)性進(jìn)行了比較，以表明與收入相關(guān)的遺傳變異比與教育相關(guān)的遺傳變異對(duì)身心健康的影響更大。

收入水平可以在一定程度上反映個(gè)人能力及身心素質(zhì)。而這項(xiàng)研究表明，基因與收入水平存在著顯著的相關(guān)性，體現(xiàn)在基因可以影響人的智力水平和性格特征（神經(jīng)特性）等。

美國(guó)科學(xué)院院士，基因大神 George Church 宣布正在開(kāi)發(fā)一個(gè)約會(huì)App，讓人們通過(guò)基因來(lái)相互匹配，希望通過(guò)基因匹配，避免攜帶共同隱性基因突變的人結(jié)合而產(chǎn)生攜帶遺傳病的后代。

論文鏈接：

https://doi.org/10.1038/s41467-019-13585-5

往期精品(點(diǎn)擊圖片直達(dá)文字對(duì)應(yīng)教程)

后臺(tái)回復(fù)“生信寶典福利第一波”或點(diǎn)擊閱讀原文獲取教程合集

?

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的Nature子刊：是穷是富与基因有关？大数据分析发现149个与收入相关基因位点的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

如果覺(jué)得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯(cuò)，歡迎將生活随笔推薦給好友。