今天培訓群里有人問了這么一個問題：這個熱圖上面的樹是根據系統(tǒng)發(fā)育關系畫的嗎？

這個問題不只問過一次，類似的問題也有一些，拿到一個圖不知道各部分是怎么來的。看到樹就以為是進化樹，看到點就是差異基因，看到顏色就是表達。

遇到這種問題，原因一般有 2 點：

主觀原因：對圖的含義不理解，對圖怎么畫出來的不清楚

客觀原因：很多工具包裝太好，輸入一個大對象，出各種圖，不細了解的人不知道每個圖的輸入數據是啥 （后面落腳還是主觀原因）

針對這個圖，如果問“這個樹是根據系統(tǒng)進化關系出來的嗎？”

首先考慮作圖時有沒有直接提供給程序系統(tǒng)進化關系 - 如果沒有，那就不是系統(tǒng)進化樹。

其次考慮有沒有提供數據讓程序推斷系統(tǒng)進化關系，比如有沒有提供序列信息 - 如果沒有，那就不是系統(tǒng)進化樹。

再次考慮每個分支是不是標準的物種名字，部分程序可以根據物種名獲取進化關系 - 如果不是，那就不是系統(tǒng)進化樹。

這個圖推測繪制的應該是樣本相關性熱圖，提供的是樣本中基因或 OTU 或其它指標的豐度數據，計算相關性（也可能直接提供相關性矩陣），再進行層級聚類出的熱圖。樹代表的是層級聚類的結果。

其它圖也是，問出問題時看下自己的輸入數據，給的是什么數據，再去解釋圖。

富集分析的圖，每次問起每個點代表什么，會有人說“基因”；顏色代表什么，會有人說“基因表達量”。這也許就是思維定式，“看到顏色就是表達”。仔細看看圖例，想想輸入數據。

• Volcano plot | 別再問我這為什么是火山圖

• 圖形解讀系列 | 散點圖也不簡單

• 圖形解讀系列 | 給你5個示例，你能看懂常用熱圖使用嗎？

往期精品(點擊圖片直達文字對應教程)

機器學習

后臺回復“生信寶典福利第一波”或點擊閱讀原文獲取教程合集

總結

以上是生活随笔為你收集整理的这个热图上面的树是根据系统发育关系画的吗？的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。