授權轉載自 SimonCat。

最近大量跑chip-seq，看到一篇2016Cell的文章《Cistrome?and Epicistrome Features Shape the Regulatory DNA Landscape》感覺圖3好驚艷。

找了下材料和方法，發現是一個叫MotifStack（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/motifStack.html）的包畫的。

什么是motif？

Motif是在生物學中是一個基于數據的數學統計模型，典型的是一段sequence也可以是一個結構。如轉錄因子傾向于結合某些特定的序列。把這個R包和數據下載下來自己畫一下，它motif的測試數據是pcm格式的文本。MotifStack 還有一些motif格式轉換的函數。（Cell重磅綜述：關于人類轉錄因子，你想知道的都在這）

motif的格式是什么？

Chip-seq鑒定出的motif，是一個ATCG的序列矩陣。對于這個字母矩陣，目前主流Motif的序列格式主要有JASPAR\MEME\RAW PFM。此外JASPAR數據庫 (http://jaspar.genereg.net/) 提供了轉錄因子與DNA結合位點motif最全面的公開數據，共收集了脊椎動物、植物、昆蟲、線蟲、真菌和尾索動物六大類不同類生物的數據 （AnimalTFDB 動物轉錄因子注釋和預測的綜合資源庫）。

1 Single motif log

pcm <- read.table("/Users/zt/learn/軟件包/motifStack/test_data/bin_SOLEXA.pcm",header = F)# 創造Motif對象pcm <- pcm[,3:ncol(pcm)]rownames(pcm) <- c("A","C","G","T")motif <- new("pcm", mat=as.matrix(pcm), name="bin_SOLEXA")opar<-par(mfrow=c(4,1))plot(motif)#plot the logo with same heightplot(motif, ic.scale=FALSE, ylab="probability")#try a different fontplot(motif, font="mono,Courier")#try a different font and a different color groupmotif@color <- colorset(colorScheme='basepairing')plot(motif,font="Times")

2 Affinity motif log

需要畫出雙鏈。

motif<-matrix(c(.846, .631, .593, .000, .000, .000, .434, .410, 1.00, .655, .284, .000, .000, .771, .640, .961,.625, .679, .773, 1.00, 1.00, .000, .573, .238, .397, 1.00, 1.00, .000, .298, 1.00, 1.00, .996,1.00, 1.00, 1.00, .228, .000, 1.00, 1.00, .597, .622, .630, .000, 1.00, 1.00, .871, .617, 1.00,.701, .513, .658, .000, .000, .247, .542, 1.00, .718, .686, .000, .000, .000, .595, .437, .970), nrow=4, byrow = TRUE)rownames(motif) <- c("A", "C", "G", "T")motif<-new("psam", mat=motif, name="affinity logo")plot(motif)

3 Stacked motif

當要畫多個motif以堆積起來，對不同的motif進行距離計算構建進化樹。導入的數據文件是單個motif一個pcm文件，通過file.path命令讀取整個目錄

motifs<-importMatrix(dir(file.path("/Users/zt/learn/軟件包/motifStack/test_data"),"pcm$", full.names = TRUE))motifStack(motifs, layout="stack", ncex=1.0)# 建立進化樹motifStack(motifs, layout="tree")4 ?Circle Motif

4 Circle motif

設置layout的格式，可以設置成環形，有點像circles

motifStack(motifs, layout="radialPhylog",circle=0.5, cleaves = 0.3,clabel.leaves = 0.3,col.bg=rep(color, each=5), col.bg.alpha=0.3,col.leaves=rep(color, each=5),col.inner.label.circle=rep(color, each=5),inner.label.circle.width=0.05,col.outer.label.circle=rep(color, each=5),outer.label.circle.width=0.1,circle.motif=1.2,angle=350)

原文：https://mp.weixin.qq.com/s/hiXEgwwgtKGxFhMawtg3fQ

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的MotifStack：多motif序列比较和可视化的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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