為什么使用Salmon？

Salmon是不基于比對計數而直接對基因進行定量的工具，適用于轉錄組、宏基因組等的分析。

其優勢是：

• 定量時考慮到不同樣品中基因長度的改變（比如不同isoform的使用）

• 速度快、需要的計算資源和存儲資源小

• 敏感性高，不會丟棄匹配到多個基因同源區域的reads

• 可以直接校正GC-bias

• 自動判斷文庫類型

Salmon的定量準確性和穩定性都比較好。

其原理如下圖所示，概括來講是通過構建統計模型來推測已經注釋的轉錄本呈現出什么表達模式時我們才會測序產生當前的FASTQ數據：

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的基于Salmon的转录组定量流程的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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