r语言数据变量分段_R数据分析:用R语言做meta分析
這里以我的一篇meta分析為例,詳細(xì)描述meta分析的一般步驟,該例子實(shí)現(xiàn)的是效應(yīng)量β的合并
R包:metafor或meta包,第一個(gè)例子以metafor包為例。
1.準(zhǔn)備數(shù)據(jù)集
2.異質(zhì)性檢驗(yàn)
install.packages("metafor")library(metafor)metamod可以看到I^2為28.34%,屬于低度異質(zhì)性,可采用固定效應(yīng)模型。異質(zhì)性低的時(shí)候可以采用固定效應(yīng)模型和隨機(jī)效應(yīng)模型,結(jié)果差別不大,但高異質(zhì)性只能選擇隨機(jī)效應(yīng)模型,否則會(huì)使結(jié)果外推性受到約束。此處選擇隨機(jī)效應(yīng)模型是出于保守情況考慮。
- fixed-effect model是基于跨研究間不存在異質(zhì)性的假設(shè),也就是其合并時(shí),默認(rèn)運(yùn)算是認(rèn)為所納入合并的研究均為同質(zhì);
- random-effect model是基于跨研究間存在異質(zhì)性的假設(shè),該合并模型承認(rèn)研究間異質(zhì)性的存在,但是不對(duì)異質(zhì)性加以處理;
- 如果納入合并的研究間存在異質(zhì)性,盡管未達(dá)到我們常規(guī)設(shè)定的I^2>50%,但是在用fixed-effect model合并時(shí),默認(rèn)運(yùn)算直接忽略這一部分異質(zhì)性的存在,這樣合并的結(jié)果會(huì)造成假陽(yáng)性誤差,而選用random-effect model合并時(shí),盡管不處理異質(zhì)性,但是其默認(rèn)運(yùn)算承認(rèn)異質(zhì)性的存在,合并結(jié)果更可信!
3.森林圖繪制
forestplot結(jié)果如下圖
黑色方塊表示的是權(quán)重大小,對(duì)應(yīng)著右方的weight,水平橫線(xiàn)是95%置信區(qū)間。菱形是合并效應(yīng)值,95%置信區(qū)間小于0,意味著meta分析結(jié)果有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。
4.文獻(xiàn)發(fā)表偏倚檢驗(yàn)
可以用漏斗圖及Begger's及Egger's檢驗(yàn)
funnel(metamod)ranktest(metamod)#Begg's檢驗(yàn)#regtest(metamod)#Egger's檢驗(yàn)#可能是由于文獻(xiàn)數(shù)量的限制,漏斗圖呈現(xiàn)明顯不對(duì)稱(chēng)模式,無(wú)法判斷是由于發(fā)表偏倚所致還是文獻(xiàn)數(shù)量太少的緣故
可以看出Begg's檢驗(yàn)及Egger's 檢驗(yàn)的結(jié)果,P值都是大于0.05的,也就意味著沒(méi)有發(fā)表偏倚。
5.敏感性檢驗(yàn)
leavelout(metamod,digits = 3)
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總結(jié)
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