對genotype的等位型進行計數(shù)，需要用到以下參數(shù)：

--freq Allele frequencies

--countsModifies --freq to report actual allele counts

具體用法如下命令：

/plink-1.07-x86_64/plink --freq --counts --noweb --bfile file --make-bed --out file

.frq.count (basic allele count report)

Produced by '--freq counts'. Valid input for?--read-freq.

A text file with a header line, and then one line per variant with the following seven fields:

CHR

Chromosome code

SNP

Variant identifier

A1

Allele 1 (usually minor)

A2

Allele 2 (usually major)

C1

Allele 1 count

C2

Allele 2 count

G0

Missing genotype count (so C1 + C2 + 2 * G0 is constant on autosomal variants)

注意：這里用到的是plink的1.07版本，如果是1.9或者2.0版本，則命令可能會有些許的改動，具體參考官網(wǎng)。

參考：http://zzz.bwh.harvard.edu/plink/reference.shtml

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的plink源码_plink: 等位型计数（allele count）的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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