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iTOL进化树调图细节记录

發布時間:2024/8/26 综合教程 60 生活家
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 iTOL进化树调图细节记录 小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.

目錄1. 注冊2. 去枝長3. 加圖例4. 無根樹顏色5. 導出圖片
iTOL基本用法已經會了,之前記錄過一點:系統發育(進化)樹繪制小結。最近重用,調圖時又發現了些細節,記錄下備忘。

1. 注冊

不注冊也可用,但注冊登錄可保存樹在itol網站上。

2. 去枝長

進化樹能展示枝長是最好的,能用來判斷材料和群體間的特殊性。但現在大部分文章中的進化樹都是去掉了枝長的,也可以理解,樣本太多,展示不好看。

處理前:

處理后:

3. 加圖例

對進化樹添加分類后的注釋,圖片的圖例是需要自己設置的。不然就只能導出,用其他軟件添加,或用文字說明。

比如這里我注釋三圈,最內圈用range,外兩圈用strip(不懂的看之前文章或看itol示例注釋)。兩部分設置有點不同。

range的注釋圖例可點開legend即可。可以用鼠標自由移動圖例的相對距離。

strip的注釋圖例,需要自定義,如果有多重注釋,注意看選擇的是哪個數據集就對該數據集進行設置。最后同樣的,圖例位置可自由移動。

4. 無根樹顏色

材料過多時,我們常用無根樹來展示,這時一般展示枝長。很簡單,去標簽,注釋上色即可。


直接拖拽注釋文件上色。

但是由于樹枝太多密集,顏色顯示不是很明顯。需要做一點調整:將線型調小一點。

此外,還可以嘗試做一些高級調整,如去掉標尺、旋轉圖片角度等。

但因為無根樹去掉了標簽(樣本名稱),所以沒有range注釋,只有strip類型,需要手動設置圖例(見上)。或者不用圖例,直接在圖片備注中說明即可。

5. 導出圖片

當你要導出pdf、png等有長寬位置信息類型圖片時,最好選擇Full image,它會自動設置配置合適你的圖片大小。如果用screen,那么在網頁上是什么樣,導出就是什么樣,你不好把握尺寸。

另外,如果是png,分辨率也有必要設置一下,盡量大點。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的iTOL进化树调图细节记录的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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