Blast進行同源基因的尋找

參考博客：

http://boyun.sh.cn/bio/?p=1849
https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/673/

基于蛋白的比對結果，尋找某一個蛋白家族的同源基因，使用如下的參數

identity >30%；
e-value <1e-10；
score>200
overlap >60%

首先對感興趣的基因家族蛋白序列建立索引

makeblastdb -in test.fsa -parse_seqids -dbtype prot -out test_db

然后使用blastp比對到建立好索引的數據庫

-outfmt "6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs"

blastp -query Bju.chr.modified_id.pep.fa -db MAGL_pep -outfmt "6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore qcovs" -max_hsps 1  -num_alignments 1 -evalue 1e-10 -num_threads 30  -out Bju.MAGL.v2.txt

如果需要blast比對返回一個最優的比對結果，需要控制-max_target_seqs , -num_alignments 和 -max_hsps 選項：

-max_target_seqs <Integer, >=1>Maximum number of aligned sequences to keepNot applicable for outfmt <= 4* Incompatible with: num_descriptions, num_alignments 
-num_alignments <Integer, >=0>Number of database sequences to show alignments for* Incompatible with: max_target_seqs

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分割NR子庫

NCB blast-2.8版本可支持用NCBI自帶代碼分割的NR子庫的索引作為比對的庫，使用比較方便

NR庫也要重新下載了ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/v5/

如果只想比對到單一物種人9606

blastp –db nr –query query.fasta –taxids 9606 –outfmt 6 –out blast.outfm6

比對NR子庫哺乳動物的話，需要先建個哺乳動物子庫tax_id索引

get_species_taxids.sh -t 40674 > 40674.txids

將序列比對至NR哺乳動物子庫

blastp –db nr –query query.fasta –taxidlist 40674.txids –outfmt 6 –out blast.outfm6

總結

以上是生活随笔為你收集整理的基因家族分析之同源基因的寻找的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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