wget https://mirror.oxfordnanoportal.com/software/analysis/ont-guppy-cpu-3.1.5-1.el7.x86_64.rpm
sudo yum install ont-guppy-cpu-3.1.5-1.el7.x86_64.rpm
guppy_basecaller --help

Basecalling

將原始測序文件轉換為堿基序列的過程basecalling，也就是將base call出來，生動形象。一代測序是對峰圖進行處理，二代測序是將激發出的熒光照片進行處理，nanopore是將變化的電流值轉換為堿基。由于每次是檢測幾個堿基共同的信號值，因此，堿基識別這個過程比較復雜。因此，官方堿基識別的工具經常更新，目前正在使用的是guppy工具，在它前面還有albacore，后面可能還有flappie，中間可能還有其他的。這就是因為這個領域還有很大的提高空間，也是研究的一大方向。還有很多第三方的工具，比如poretools，nanopolish等。不過這個工作還是推薦官方的工具吧，畢竟，機器是人家生產的，更了解一些。而且nanopore的堿基識別還與使用的芯片有關，因為DNA測序每秒過450 bp左右堿基，而RNA測序每秒過70 bp左右堿基，這在識別算法上是完全不同的。

guppy介紹
Guppy是Oxford

Nanopore提供的堿基識別軟件，是一款基于命令行的工具包，目前MinKNOW軟件中內置了該工具，后面如果有更好的工具，guppy就將被打入冷宮，目前被拍在沙灘上的albacore就是guppy未來的宿命。

guppy主要包括三大功能：
1、堿基識別
這是它的主要功能，Guppy使用神經網絡算法（RNN)將電信號數據解讀為DNA或RNA的五個標準堿基，即腺嘌呤，鳥嘌呤，胞咳淀，胸腺咳淀和尿密淀。
2、拆分條碼數據
如果建庫時添加了barcode條形碼，那么在序列開端和尾端均有Oxford Nanopore Technologies提供的條形碼序列，Guppy數據拆分功能基于識別出的堿基序列。這個原理類似于illumina basecalling中的index拆分。
3、比對
將測序數據與參考序列進行比對，其實這個是調用minimap2做的，而且選項參數都是內置的，無法調整，所以，這個功能還是不要使用了，一個軟件還是把自己該做的事情做好。
4、甲基化修飾位點檢測
如果某個堿基發生了甲基化修飾，那么在堿基識別過程中就會表現出一些異常信息，這些離群信息有可能就是潛在的甲基化修飾位點，guppy目前也可以進行堿基修飾的檢測，不過這個需要學習集，不同物種需要單獨的學習集，目前只試驗了大腸桿菌，人等模式生物，如果有需要可以嘗試進行檢測。

提高guppy堿基識別速度
由于fast5文件存儲數據量巨大，因此，程序計算量也非常大，guppy提供了兩種堿基識別的策略，快速fast模式與hac高度精確模式，魚和熊掌目前不可兼得，通過選擇不同的配置文件來選擇。具體看做什么分析，如果要做微生物快速鑒定，選擇fast模式，如果要做基因組拼接，可以選擇hac精確模式。如果想要快速同時還準確，也有辦法，多加錢，有錢能使鬼推磨。購買更好的計算設備，例如多線程，GPU加速等，都可以顯著提高堿基識別效率。

Except if you have an application which benefits from a realtime analysis I would recommend to turn the live basecalling off and, indeed, use a more powerful computer (ideally with GPUs) for guppy basecalling. If you turn live basecalling off you should directly get fast5 format, and no raw intermediate. You are not the first to have issues with .raw files, and it is a problem that was only recently fixed. Do you have access to the nanopore community forum? If so, see the following thread: https://community.nanoporetech.com/posts/how-to-convert-raw-to-fa One hour ago, Andrew Goodall posted there some guidelines on how to "recover" the .raw files.

REF

https://medium.com/@kepler_00/nanopore-guppy-3-1-5-gpu-server-mode-on-ubuntu18-with-nvidia-docker-c542f20bb704

https://zhuanlan.zhihu.com/p/91629796

https://esr-nz.github.io/gpu_basecalling_testing/gpu_benchmarking.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的GUPPY 3.1.5 安装的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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