MATLAB軟件課程設計---MATLAB實現DNA序列的分類識別

裝 訂 線 裝 訂 線 數學軟件實踐 課程設計報告 題 目MATLAB 實現 DNA 序列的分類識別 學 號 姓 名 教 師 日 期 論文題目 論文題目 1 摘 要 2 1 問題重述 3 2 問題分析 3 3 模型假設 3 4 符號說明 4 5 模型的建立與求解 4 5.1 問題一的模型 . 4 5.1.1 模型建立 4 模型 I 5 5.1.2 模型求解 5 5.2 問題二的模型 . 6 5.2.1 模型建立 6 模型 II 7 5.2.2 模型求解 8 5.3 問題三的模型 . 9 5.3.1 模型建立 9 模型 III . 9 5.3.2 模型求解 10 6 模型的評價與改進 .11 附 錄 12 A.1 附錄描述 1 . 12 A.2 附錄描述 2 . 19 A.3 附錄描述 3 . 22 2 摘 要 1 D NA序列矩陣 a 首先調用函數_Iim portdata，將txt文檔中的字符讀入到w orkspace中，將 其中不是ATG C的字符用A來替換，存到矩陣D N A中。 b 給定D N A序列 12N Ss ss， i sA C G T，,,,A T G C分別表示序列S的 前i1 2iN個元素中A C G T出現的次數.編寫函數_Icalculate計算 出D NA序列每一行的,,,A T G C。 c 根據定義的歐幾里得距離矩陣，為了求解ED方便,寫編寫一個函數 _1IE D，求出四個矩陣,,,A ij Tij G ij C ij，然后編寫函數_IED，便可以求出 AGCTACG TATG C，，，，，對應的ED。 d 根據定義的路徑距離矩陣，編寫函數_IPD，根據不同的ED，求出不同的 PD。 e 根據定義的商矩陣，編寫函數_IEP，由b和c求出的ED和PD計算出對 應的EP。 f 根據定義的商矩陣，編寫函數_IE G，由b求出的ED計算出對應的EG。 2 最大特征矩陣 對于給定的D NA序列， 令 123456 ,其中 123456 分 別表示矩陣,,ED EP EG的標準化 i N的最大特征根。將求得的結果放于 矩陣123EG aEG aEG a，，中。 3 調用給定程序作出D N A序列的聚類樹圖 可以根據給定的程序_Idendrogram，對于123EG aEG aEG a，，分別作圖。 4 MATLAB 的一些基礎知識 關鍵字D N A序列、最大特征根、聚類樹圖、MATLAB 基礎知識 3 1 問題重述 題目給的是關于D NA序列的問題,首先給出一個txt文檔，是構成D NA序列的 A T G C字符，但其中有不是ATG C的字符，要求將txt文檔中的所有字符序列讀入到矩 陣D NA中， 并將其中不是ATG C的字符用ATG C中的任意一個換掉， 得到正確的D N A矩 陣。然后分別計算矩陣,,,A T G C 例如 i T表示前i個字符中含有的T的個數。再根據 ,,,A T G C四個矩陣不同的輸入順序求出 6 個不同的ED矩陣，對每個ED矩陣，可以求 出對應的PD,再由,E D P D求出對應的EP。對每個ED矩陣，也可以求出對應的EG矩 陣。 假設輸入D N A序列的第一行，求出 6 個不同的,,ED EP EG后，每個矩陣可以求得一 個最大特征根，這樣 6 個ED有 6 個最大特征根，放于矩陣1E G a 1E G a為 24*6 的矩 陣的第一行中，6 個EP有 6 個最大特征根，放于矩陣2E G a 2EG a為 24*6 的矩陣 的第一行中，6 個EG有 6 個最大特征根，放于矩陣3E G a 3E G a為 24*6 的矩陣的第 一行中。當把D N A序列的 24 行遍歷完，1,2,3EG aEG aEG a三個矩陣便賦值完成。 提示中給了畫D N A序列的聚類樹圖的程序，調用此程序，便可完成 3 個圖的繪制。 2 問題分析 首先調用函數_Iim portdata，將txt文檔中的字符讀入到矩陣D N A中，將其中不是 ATG C的字符用A來替換。編寫函數_Icalculate計算出D N A序列每一行的,,,A T G C。 根據定義的歐幾里得距離矩陣,為了求解ED方便,先由函數_1IE D，求出四個矩陣 ,,,A ij T ij G ij C ij，然后由函數_IED，便可以求出,,,,,AG CT AC G T AT G C對應的ED。根 據定義的路徑距離矩陣，由函數_IPD，根據不同的ED，求出不同的PD。根據定義 的商矩陣，由函數_IEP和求出的ED和PD計算出對應的EP。根據定義的商矩陣，由

總結

以上是生活随笔為你收集整理的dna序列分类数学建模matlab,MATLAB软件课程设计---MATLAB实现DNA序列的分类识别的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。